我国经济进入新常态阶段后,经济增长速度由高速转为中高速,产业结构也发生了重大转变,服务业赶超工业,成为对经济贡献最大的产业,但是第三产业的发展需要强大的工业作为支撑。解决这些问题的关键在于改变我国制造业大而不强的现状,提高我国全要素生产率水平。近几年,全要素生产率的提高受到了越来越多学者的关注。但是,学者们的实证结果却一直存在争议,说明产业集聚与全要素生产率的变动并没有必然的线性关系。在此背景下,本文选取我国省际面板数据,利用门槛回归模型,从研发角度检验了二者间的非线性关系。本文首先整理了国内外学者关于产业集聚与全要素生产率关系的相关文献;在此基础上,分别对我国各省市、自治区的制造业集聚水平进行测算和简单分析,发现我国制造业集聚在空间分布上差异较大,东部地区制造业集聚度远高于中西部和东北部地区。接着,采用DEA-Malmquist指数,借助DEAP2.1软件对各地区的全要素生产率进行估算和分解,发现各区域全要素生产率增长速度差异并不是很大。然后,利用Hansen的门槛回归模型,以我国2000-2014年的省际面板数据为研究对象,将各地区研发投入比重作为门槛变量,对制造业集聚与全要素生产率的关系进行了实证研究,得出结论:(1)制造业集聚与全要素生产率呈非线性关系,并存在门槛效应;(2)FDI对全要素生产率的增长起弱化作用;(3)人力资本中受教育年限与全要素生产率增长呈正相关关系;(4)市场化进程有利于全要素生产率的增长;(5)城市化水平不利于全要素生产率的增长。最后,本文根据前文的理论和实证研究结论,提出了能促进我国产业结构优化,调整地区产业布局,提高全要素生产率的政策建议。本文以我国除西藏外30个省市、自治区2000-2014年面板数据为研究对象,并利用门槛回归模型,从研发投入角度研究制造业集聚与全要素生产率间的线性关系,在研究对象和研究方法及角度上进行了一定的创新。