在建设创新型国家的大背景下，企业应当成为创新的主体，企业的创新绩效是衡量其发展水平的一个重要的评价指标。国内外学术界关于企业创新绩效的研究一直都在延续，并且迸发出前所未有的活力。　　本文以2005年1季度至2012年4季度上证A股的大中型工业企业数据为样本，根据季度财务报表数据，利用优化的柯布—道格拉斯模型来研究企业创新投入的资本结构对其创新绩效的影响作用。结果表明:(1)与权益资本相比，企业经营产生的自由现金流和资本公积对创新绩效的改善有更显著作用;(2)长期贷款比短期贷款更能促进企业创新，提升企业绩效，且债务资本的滞后期与绩效呈倒U型关系;(3)企业股权的集中度与创新绩效之间存在明显的正向关系，股权集中度通过影响企业用于研发的资本公积从而达到间接影响创新绩效的作用。　　基于此，提出以下建议:(1)科学地安排企业年度财务计划，合理做好企业内部的融资投资工作，维持必要的稳定的现金流以保障企业的正常运营;(2)由于债务利息在税前扣除，在创新过程中，适当提高经营杠杆不仅可以帮助企业筹集更多的资金，同时也可以利用税盾效应降低财务成本;(3)争取国家补助，加强企业、科研机构、高校等主体之间的合作，充分利用社会资本，形成知识生产—扩散—吸收—转化之间的良性循环。