自改革开放以来,中国经济得到了持续快速的发展,但是与此同时,由于粗放型经济的开发与利用,自然资源的消耗也在大幅增长,而这其中水资源的匮乏则尤为严重。虽然我国政府已经出台了一系列的相关政策保护水源地的生态环境,并且已取得了一定的成效,但在水源地生态资源环境得到维护的同时,水源地当地的经济发展却步履维艰。国家出台限制水源区产业发展的政策,不仅使水源地现有产业受到严重限制与冲击,而且还使水源地的经济发展承受了巨大机会成本。鉴于此,对于水源地生态保护给予应有的补偿势在必行。基于水源地特殊的生态地位和目前水源地自身特点,水源地生态补偿要遵循公平性、受益者补偿、生态安全、“谁保护,谁收益;谁受益、谁补偿”以及灵活性原则。只有采取适当的方式对水源地生态保护的直接投入以及机会损失进行合理的补偿,才能有效激励水源地生态保护行为。水源地生态补偿机制是促进水源保护的利益驱动机制、激励机制和协调机制的综合体,其方式是利用经济手段、政策手段和法律手段,通过水源地生态保护外部性的内部化,来调动水源地生态建设与保护者的积极性。构建水源地生态补偿机制需要解决三个关键问题,一是谁补偿谁,也就是补偿主体界定,二是补偿多少,也就是补偿标准的确定,三是如何补偿,即补偿方式问题。对于水资源而言,其生态受益者分为两部分:一是可以清晰界定生态受益者的部分,如用于农业、工业及第三产业等的生产用水,以及用于发电、养殖、水上旅游和交通等经营用水,二是不能够清晰界定生态受益者的部分,如生态用水等。水源地生态补偿受偿对象既包括生态保护者,也包括减少生态破坏者。水源地的补偿方与受偿方是一对矛盾体的两个对立面,水源地生态补偿过程实际上是水源地与生态受益者博弈的过程,在这一博弈中,如果双方是一次性博弈,其纳什均衡就是“水源地不保护,下游生态受益者不补偿”。但从无穷次重复博弈分析来看,如果参与人有足够的耐心,“水源地保护与下游补偿”将是每一阶段博弈的纳什均衡,双方将走出了一次博弈的“囚徒困境”,水源地与下游的福利都得到改善。生态补偿标准的核算主要采用支付意愿法(WTP)、机会成本法(OC)和污染边际处理成本法。在对黄河流域山东省居民进行问卷调查的基础上,利用CVM对该区域居民的补偿意愿及支付水平进行了分析。结果表明,在240份有效调查问卷中,人均生态补偿年度支付水平为116.71元。从Logit及线性回归模型可以看出,受教育程度及收入水平与生态补偿意愿及支付水平呈显著的正相关,年龄与生态补偿意愿呈弱相关。就生态补偿意愿而言,女性补偿意愿较男性更强。水源地生态补偿一般采用政府补偿模式或市场补偿模式。政府补偿通过财政转移支付、建立生态补偿专项基金、征收水源地生态补偿税费、提供信贷优惠政策等手段筹集资金,并采用政策补偿、资金补偿、实物补偿、智力补偿以及生态移民、异地开发等方式,提供水源地生态补偿。但政府补偿存在资金运作缺乏有效的监督约束,部门间权责不明等弊端,而这也给市场补偿机制提供了发展机会。市场补偿是水源地生态受益者对保护者的直接补偿,通过产权交易、一对一交易等形式,水源地生态保护者与受益者之间实现对接,各利益主体通过市场机制享受其权利并承担相应的责任,实现各自的利益诉求。但市场补偿也存在一定缺点,如补偿难度大、补偿短期行为严重等。鉴于政府补偿与市场补偿均存在着不同的优缺点,因此水源地生态补偿的运作机制应坚持政府在其中的主导地位,同时通过充分发挥市场的作用,进一步完善水源地生态补偿制度。我国水源地生态补偿机制起步较晚,相关法律法规不健全,水源地生态补偿标准偏低,水源地生态补偿资金来源渠道有限,资金使用缺乏有效的监督机制,水源地生态补偿部门协调机制不畅,这些问题均制约了我国水源地生态补偿机制的完善。生态补偿机制本身是一个复杂的综合体系,在设计与完善我国水源地生态补偿机制的过程中,要特别重视其与经济、管理、法律和社会政策的内在关系,做好生态补偿机制与配套政策的结合,在遵循公平公正、可持续发展、循序渐进、谁受益谁补偿的基础上,通过完善水源地法律保障机制、经济机制、资金运作机制、管理机制以及社会机制的建设,以构建完善的水源地生态补偿保障制度体系。