我国内河水资源丰富,内河集装箱运输作为内河运输的重要组成部分,以其安全、便捷、高效的特点,成为综合运输体系的重要组成部分,又因其具有运能大、成本低、污染小的优势,符合经济和社会可持续发展的要求,在综合运输体系中具有不可替代的重要作用。随着公路和铁路建设的快速发展和综合运输体系的不断完善,内河集装箱运输受到来自其它运输方式特别是公路运输的严峻挑战。内河集装箱运输业整体的效益和效率较低,内河航运的资源和优势没有得到充分的开发和利用,在综合运输体系中的市场竞争力下降,增长速度受到限制。与国外内河航运发达国家相比,我国内河集装箱运输的基础设施状况以及劳动生产率都存在很大差距,内河集装箱运输业处于一种较低的发展水平。而发达国家的经验表明,内河集装箱运输有着其他运输方式不可替代的潜在优势,即使社会经济高度发达后仍在综合运输体系中占有一席之地,应该提倡宜水则水、宜陆则陆,各种运输方式协调发展。因此,内河集装箱运输的协调发展不仅能提升其在综合运输体系中的地位和作用,也有利于实现我国构建资源节约、环境友好型社会的目标,促进我国经济社会的协调发展,因此开展本论文研究具有重大意义。本论文将运用协调理论、经济学、统计学、系统论等学科理论,采用定量与定性分析相结合的研究方法,主要研究内容如下：(1)构建内河集装箱运输系统协调发展理论体系,运用系统理论、协调理论和经济学理论,构建内河集装箱运输系统协调发展理论框架。(2)在协调发展理论分析基础上,对内河集装箱运输系统协调发展分层次展开深入的分析。(3)构建内河集装箱运输系统的协调发展机制。(4)对内河集装箱运输系统协调发展程度进行定量分析,构建评价指标体系,给出适合的评价方法以及评价步骤。论文的主要创新点如下：(1)界定了内河集装箱运输系统的内涵和构成,将内河集装箱运输系统划分为内陆集疏港运输、码头中转、船舶运输三个子系统,每个子系统又划分为线路基础设施、节点基础设施、运输移动设备和运输软件四个构成要素,充分体现了内河集装箱运输系统的特点,为分层次研究内河集装箱运输系统协调发展奠定了理论基础。(2)分析了内河集装箱运输系统与公路集装箱运输运输系统相比具备竞争力的前提条件,提炼出内河集装箱运输系统与海运集装箱运输系统之间对比具有如下特点：内河集装箱运输系统具有替代性；内河集装箱运输系统具有自组织特性：内河集装箱运输船舶相比大型化,灵便化更具竞争力。结合我国内河集装箱运输系统发展现状和特点得出内河集装箱运输系统是综合运输体系中的短板原因除了有基础设施、运输组织不完善的原因外,还受制于产业布局。(3)依据系统理论、协调理论和经济学理论,对内河集装箱运输系统协调发展理论进行了系统梳理和深入分析,从系统与外部环境协调、子系统之间协调和子系统内部协调三个层次构建了内河集装箱运输系统协调发展的理论体系,为科学评价内河集装箱运输系统协调发展打下坚实的理论基础。(4)构建了内河集装箱运输系统协调发展的评价指标体系,为评价系统协调度提供了基础,给出协调发展度临界值,为评价内河集装箱运输系统协调发展程度提供了量化依据。