医药制造业与国计民生息息相关,随着我国人口老龄化问题的加剧以及经济发展水平的提高,带来了更大的医疗需求,同时由于各项医疗保障制度及相关政策的不断完善,我国医药制造业迎来了高速发展时期。当前处于后疫情时代,医药制造业除了保障人民日常健康需求以外,其作为高科技行业之一,在应对和预防公共卫生突发事件等方面也具有重大的意义。近年来,在国家科技创新政策的支持下,我国医药制造业的研发创新能力得到了巨大的提升,在原创新药、生物技术等领域都取得了一定的突破,但由于我国医药制造业的发展起步较晚,相较于其他已经发展得较为成熟的国家和地区而言,客观上仍旧存在着较大的差距。我国医药制造业正处于从“仿制”向“创新”转型的关键阶段,有必要对当前研发费用加计扣除政策及其配套措施进行完善,以突出其核心竞争力,释放制药企业的研发积极性。本文在对国内外相关文献进行归纳和总结的基础上,对研发费用加计扣除的概念进行明确,发现医药制造业的研发活动区别于其他一般研发活动,具有行业壁垒高、研发风险大和资金投入规模可观等特征。紧接着从内生经济增长理论和市场失灵理论两方面分析了政府介入制药企业研发活动的必要性,并关于研发费用加计扣除政策对制药企业研发激励的作用机理展开了说明,发现该政策通过弥补企业经济效益、降低企业研发成本等方式缓解了研发外部性以及为企业分担研发风险,从而激励制药企业开展研发活动。然后,根据时间推进和内涵变化将该政策的演变过程分为了三个阶段进行简单梳理,发现当前政策规则一直得到规范和完善,将持续激发我国企业的研发创新活力。紧接着又将我国医药制造业的研发现状分为了研发投入和研发产出两个角度进行探究,一方面从研发经费投入规模、研发投入强度和研发人员投入规模等方面对研发投入现状进行分析,发现我国医药制造业研发投入规模相对较大,对研发投入也愈发重视,未来可能更需要具有综合素质的人才精英来促进行业的研发创新;另一方面从专利产出、新产品开发和药品研发种类等方面对研发产出现状进行分析,发现药品高质量和创新发展已经成为了我国医药制造业发展的主旋律,虽然已经成为了全球第二大药品研发国家,但与位居首位的美国相比仍存有较大差距。立足于政策和行业发展现状,比较发现当前我国政策存在加计扣除优惠力度有限、差异化政策缺乏、研发操纵现象多发等问题。本文以沪深A股274家上市制药企业为研究对象,基于面板数据建立双向固定效应模型,对该政策的研发激励效应进行分析,以期进一步发现政策存在的问题。实证研究结果表明:（1）研发费用加计扣除政策对制药企业的研发活动具有显著的激励效应;（2）融资约束会阻碍研发费用加计扣除政策对制药企业的研发激励效应;（3）研发费用加计扣除政策对知识产权执法力度较强区域的制药企业研发活动具有更显著的激励效应;（4）研发费用加计扣除政策对大型制药企业研发激励效应更加明显。基于现状问题分析和实证研究结果,本文提出了未来进一步提升该政策研发激励效应的对策建议。具体包括,第一,从适当扩大研发费用范围、适度提高加计扣除比例和优化加计扣除方式等方面提高加计扣除优惠力度;第二,在加计扣除比例、未扣除金额结转年限和予以税收返还等方面实施差异化的政策调节;第三,通过完善监督管理制度以及违规惩处制度、加强政策宣传力度等方面来完善政策相关管理制度;第四,进一步优化医药制造业融资和知识产权保护等配套激励措施。