随着科技的进步，经济的发展，城市已经越来越成熟，给人们带来的便利也越来越大，但各种问题也随之出现，环境污染、生态失衡、自然资源的过度浪费和透支，如何解决这些问题已经成为当下城市发展的重要问题。要从根本上解决城市社会、资源、环境问题，必须把城市置于复合生态系统的框架下进行研究，综合考虑城市的自然，经济和社会三个子系统，将三子系统作为一个共同整体。本文根据城市复合生态系统的特征将其分为自然生态子系统、经济生态子系统和社会生态子系统，绘制了城市复合生态系统结构图。以协同理论为基础，应用功效函数法建立了城市复合生态系统共生模型。通过城市复合生态系统序参量的确定、有序度的计算和共生度评估，分析了沈阳、本溪城市复合生态系统共生度及变化趋势，并做了2015年沈本一体化生态共生度预测。结果表明：1995-2011年，沈阳市复合生态系统生态共生水平总体上呈上升趋势。1999-2011年本溪市复合生态系统共生度上升趋势明显。2015年沈本一体化之后，对两个城市的发展都有促进作用。通过实证研究，证明该模型用于城市复合生态系统生态共生水平评估及变化趋势分析是科学、合理和可行的。