人乳头瘤病毒高危型的CODEHOP检测及-16、-18型核酸检测质控物的研究

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第一部分人乳头瘤病毒(HPV)高危型-16,-18核酸检测质控物的研究目的研制得到能模拟真实临床标本的人乳头瘤病毒(HPV)高危型16、18核酸检测质控物,并探讨其用于临床实验室HPV-16、18核酸检测室间质量评价的有效性。方法本实验分为两大部分,第一部分中,通过PCR方法克隆出HPV-16临床检测常用的靶基因片段,利用分子克隆方法构建含HPV-16靶基因的真核细胞载体pEGFP-C1-HPV-16质粒,转染已含HPV-18的Hela上皮细胞系,获得含HPV-16、18核酸的上皮细胞原液,经甲醇固定后,检测其稳定性和特异性。第二部分中,将测定好各项指标的细胞原液适当稀释后,组成含阴阳性的共12份标本的样本盘,发至全国各开展临床HPV-16,-18检测的实验室,进行一次全国性的室间质量评价,并对回报结果进行统计处理。结果构建了含HPV-16检测片段的重组真核表达载体,并转入宫颈上皮癌细胞系(Hela)中,得到了可模拟临床标本的HPV-16,-18 PCR检测的质控物,采用深圳匹基、中山达安HPV PCR商品检测试剂盒对样本进行定性和定量检测,。样本原液经1∶10、1∶50、1∶100、1∶500稀释后,实时荧光PCR检测HPV-16的C_T值分别为29.10、31.19、32.15和32.73,HPV-18的C_T值分别为30.32、32.13、32.22和35.55。质控物在4℃下可稳定40天以上,盲邮至新疆乌鲁木齐、内蒙古呼和浩特和厦门的样本,返回后检测无明显变化。44个临床实验室对浓度大于10~4拷贝/ml的样本的检测符合率平均为95.13%,对低于10~3拷贝/ml的样本的检测符合率为57.3%。对阴性样本符合率为98.3%。结论成功地得到了可模拟临床标本的HPV-16,18核酸检测质控物,可有效地用于临床实验室室间质评,质评结果表明,临床实验室仍有待于提高HPV-16,18检测的灵敏度。第二部分人乳头瘤病毒(HPV)高危型CODEHOP检测方法的研究目的利用一致-简并杂交寡核苷酸引物(consensus-degenerate hybridoligonucleotide primer,CODEHOP)这种新的引物设计方法检测HPV高危型,并探讨其用于临床实验室HPV高危型核酸检测有效性。方法:通过GenBank databases或EMBL databases得到HPV高危型各亚型L1基因序列和低危型各亚型将不同的L1基因序列输入Block Maker程序获得氨基保守的氨基酸模块(block),将这些保守的模块进行对比,挑选出E区间和J区间这两个与低危型不同区间设计引物,将这些保守的模块输入到blocks网站上的CODEHOP程序上,获得一系列引物,根据简并度,退火温度,等一系列条件,挑选出合适的杂交引物对,将得到的杂交引物进行筛选通过尝试性PCR扩增优化反应条件,利用筛选的引物和优化过的反应条件对已知的质粒样本进行扩增,检验其特异性和灵敏性,并对阳性的临床样本进行扩增,检验其在临床上的实用性。结果合成针对HPV高危型的CODEHOP杂交引物,利用该引物对已知的质粒样本进行扩增,得到理想条带。检测出HPV-45,-51,-16,-18等多种高危型。由于时间限制,只对59份未分型临床样本进行了检测,阳性40份,阳性率为67.8%,检测为阴性的有19份,占32.2%。结论得到了检测人乳头瘤病毒的CODEHOP杂交引物,并对其灵敏度和特异性进行了检测,检测结果良好,由于该引物针对的是HPV的高危型,因此可检测出多种高危亚型,相对于市面商品试剂盒,检测面广,价廉。并且,由于引物设计的巧妙性,可用于检测未知的HPV高危亚型,为寻找新病毒亚型提供了一条新的途径。
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