我国医药产业起步晚、基础差,尤其在新药的研发报批及产业化效率方面与国际药企存在很大的差距。HD医药公司在线产品全部为仿制药,随着国家医改的深入推进和对医药创新的重视与支持,新药的研发创新已经成为企业未来发展的重要战略。本文通过文献研究法、问卷调查法和实例分析法对HD医药公司的研发创新体系现状进行分析,并结合与同行业的的对比分析,总结出研发战略模糊、投入不足、创新模式单一、成果转化效率低以及项目过程管控薄弱五个方面的主要问题。然后基于研发管理理论和创新管理理论,根据问题的特征和成因,结合HD医药公司的特点,提出了体系优化策略,明确了研发创新的战略地位,健全了以内部创新项目深度挖掘和外部项目靶引进以及多方资源战略整合项目为主的项目设计,完善了以转化平台细分、院士工作站、博士后工作站为主的创新平台设计,同时对研发人才队伍培育和制度构建进行了优化设计,并从研发投入、组织架构、激励体系、评价体系和组织文化五个维度建立了强有力的保障措施。本文对HD医药公司研发体系进行了系统分析,提出了具体的体系优化措施,对其本身具有较为重要的现实作用,对其它医药公司在创新体系方面的改进也有一定借鉴作用。