鄱阳湖候鸟保护区包括蚌湖、沙湖、大湖池等9个湖泊及周围草滩，是全球最大的白鹤和鸿雁越冬地，全球超过95%的白鹤在此越冬，各种鸟类258种，是世界保护、研究鸟类的重要基地。同时，该区域内渔业也比较发达，蚌湖是鲤鲫鱼的产卵场所，虾、贝产量高；保护区内植被比较丰富，枯水期大面积的草场造就了一定规模的畜牧业。为了更深入的了解人类活动对保护区的影响，对保护区进行水质评价和生态风险评价意义重大。本研究包括水质评价、重金属风险评价和生物毒性研究三个部分。受交通和自然条件限制，采样点主要集中在蚌湖，部分月份涵盖沙湖和大湖池。对蚌湖各月份水质的单因子评价结果为蚌湖5月份水质略好为Ⅲ类水质，其他月份均在Ⅳ和Ⅴ类水质之间上下波动。蚌湖水质各指标浓度季节性变化明显，总体而言，COD、TP、氨氮、硝酸盐氮、Chl-a的浓度丰水期＜平水期＜枯水期；各水域水质差异不大，丰水期沙湖、大湖池水质略优于蚌湖，平水期相反，枯水期三水域水质情况相同；模糊综合评价法的评价结果与单因子评价法的评价结果接近，前者5月份的评价结果略好，为Ⅱ类水质，其他月份水质状况与单因子评价结果相同，TN是决定水质的最主要因素。鄱阳湖候鸟保护区表层底泥重金属Zn、Pb、Cd的浓度介于赣江入湖口和修河入湖口之间，除Cr外，其他重金属元素浓度均低于鄱阳湖主湖区；底泥中各种重金属的富集程度不同，Zn和Cd的RSP值远小于1，未受到这两种元素的污染；Cu、Pb、Cr均只有个别采样点RSP值大于1，但是多个采样点的RSP接近1，潜在危害不容忽视；蚌湖出湖口处Pb在各深度截面处的RSP大于1，部分截面大于2，Pb的污染较为严重；地累积指数评价法与潜在生态危害指数法的评价结果相同，污染程度均为轻度污染；重金属的富集程度Cu>Zn>Pb>Cr>Cd，三个湖泊的重金属污染程度沙湖＞蚌湖＞大湖池。亚致死浓度下肝脏MT活性与Pb2+浓度高度负相关，鲤鱼肝脏MT是用来评价低浓度下Pb污染的理想生物标志物。蚌湖鲤鱼受到氧化压力小，体内的脂质过氧化程度低，没有明显的氧化损伤作用；受水体中低浓度重金属影响，MT的合成受到轻微抑制；外源性污染物对鄱阳湖候鸟保护区的水生生物毒性作用小，保护区内生态环境良好，适合水生生物的生长繁殖。