肠道微生物对宿主的营养代谢、生理、免疫以及疾病防御起着重要的作用。近来，得益于肠道微生物的研究，已有一些环境友好型的益生菌用于水产动物健康养殖中，在高密度养殖中用以提高宿主免疫力和病害的防控。益生菌作为抗生素的替代品，代表水产养殖病害防治当前和未来的发展方向，有着广泛的应用前景，在很多水产动物上已得到了很好的应用。拟穴青蟹（Scyllaparamamosain，简称青蟹）是我国东南沿海地区重要的海洋经济养殖蟹类。但是对拟穴青蟹而言，肠道微生物的相关研究还很薄弱。本论文研究着眼于青蟹肠道微生物菌群，在弄清其肠道微生物组成的基础上，筛选能够拮抗青蟹养殖中的病原微生物，开发适用于青蟹高密度养殖的益生菌，期望用于青蟹养殖的疾病防控及健康生态养殖。研究结果如下：　　一、使用分子生态学方法PCR-DGGE（变性梯度凝胶电泳）、16SrDNA文库以及PCR-RFLP（限制性酶切片段长度多态性）研究青蟹肠道菌群结构，结果表明三种不同状态（野生、健康养殖及患“蜕壳不遂症”）青蟹肠道微生物均存在丰富的多样性，主要含有下列细菌种类：拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、软壁菌门（Tenericutes）、梭杆菌门（Fusobacteria）和硬壁菌门（Firmicutes）。在三种不同状态的青蟹肠道中，革兰氏阴性菌占优势，在患病青蟹肠道没能检测到硬壁菌门细菌，却能检测到蓝细菌存在；野生青蟹和养殖健康的青蟹肠道同样没有检测到蓝细菌；健康养殖青蟹肠道微生物多样性最为丰富，而患病青蟹肠道微生物多样性最低。初步揭示了青蟹肠道菌群平衡与宿主健康状况密切相关。　　二、利用qRT-PCR（实时定量PCR）分别检测三种不同状态的青蟹肠道微生物总量和梭杆菌门细菌的数量，发现野生青蟹的肠道细菌总数最多，但健康养殖青蟹肠道的梭杆菌门的数量最多，这表明肠道中含有的不同种属细菌之间存在一定的比例，并且这种比例随着宿主—青蟹在野生和养殖健康、患病青蟹的不同而有所变化。　　三、可培养微生物菌株的情况：使用3种常见培养基(LB、2216E和TCBS)，分别分离野生青蟹及健康、患病青蟹的肠道微生物，建立了粤东地区拟穴青蟹肠道可培养微生物资源库。利用建立的青蟹肠道可培养微生物资源库，通过体外初步筛选拮抗致病性微生物的益生菌，并结合检测多种酶活性，得到10株潜在的益生菌。这10株菌具有蛋白酶、淀粉酶、卵磷脂酶以及接触酶（过氧化氢酶）活性，这些菌株的性质和益生特性尚需进一步研究。　　总之，本研究分别使用培养方法及分子生态学技术研究拟穴青蟹在野生，养殖健康及患病三种状态下肠道微生物结构组成和差异，利用建立的可培养微生物资源库，结合体外实验筛选能拮抗致病微生物的菌株，用于后续益生菌的开发。本研究构建的肠道微生物分析平台，为实验室水产养殖动物肠道微生物多样性研究奠定了基础；筛选的潜在的益生菌对后期进行青蟹养殖益生菌筛选及开发、益生菌用于养殖青蟹疾病防控及健康生态养殖等都具有重要现实意义。