鱼类远缘杂交是两种不同鱼类的杂交,可以形成不同倍性杂交鱼,两个亲本可以是属于不同的种、不同的亚科、不同的科,其杂交后代二倍体及多倍体的形成是物种进化过程中的重要组成部分。杂交后代能整合双亲的优点,在生长速度、存活率、抗病能力等方面均表现出杂种优势。在杂交后代的个体中出现亲代没有的基因组合的现象称为基因重组。基因重组使配子出现多样性,也体现出了物种的多样性,促进着新物种的产生,重组的发生带动着生物进化。本实验以草鱼为母本,团头鲂为父本的情况下,形成子一代鱼类杂交组合:二倍体草鲂和三倍体草鲂,建立了草鲂第一代杂交品系。转录组指发生转录的细胞内所有转录产物的集合,其中包括核糖体RNA、信使RNA、非编码RNA、转运RNA,对研究生物体的遗传调控方面具有非常重要的意义。对华大公司得到的转录组数据库进行生物信息学分析,从中挑选出五个重组基因,以其转录本中的mRNA序列设计引物,以草鱼、团头鲂、二倍体草鲂、三倍体草鲂四个物种的DNA为模板,进行PCR扩增。在转录组中的mRNA序列上对二倍体草鲂和三倍体草鲂与亲本序列比较结果显示二倍体草鲂的upf3b基因出现了碱基的替换和交换重组的现象,且重组区域发生在内含子,其内含子的前部分与草鱼一致,后部分与团头鲂一致。三倍体草鲂的igfbp1A基因也出现了重组的现象。upf3b基因参与着转录调控过程,可以有效的清除细胞内缺陷蛋白质可能带来的致命性损害。重组发生在内含子区域,可能对草鲂杂交体系的稳定性形成具有重大的意义,且upf3b基因的GC含量相对于其它基因较高,推测重组发生可能与GC含量有联系,GC含量发生改变可能影响着重组的发生,重组的发生促进着基因的进化和新物种的形成。在普通草鱼(2n=48)为母本,团头鲂(2n=48)为父本形成的二倍体草鲂和三倍体草鲂中,二倍体草鲂的染色体为48,其中一份来自于母本草鱼,一份来自于父本团头鲂;三倍体草鲂的染色体为72,两份染色体来自母本草鱼,一份来自父本团头鲂。对二倍体草鲂和三倍体草鲂的染色体进行核型分析,二倍体草鲂的核型组成为18M+25SM+5ST,三倍体草鲂的核型组成为27M+37SM+8ST。其中在杂交后代中出现的最大的一条染色体均来自于父本团头鲂,并存在于SM组中。对草鲂杂交后代染色体的研究,对于我们系统地了解杂交鱼的遗传组成具有非常重要的意义。