人民法院依申请调查取证制度以弱化法院职权为理念,强调法院调查取证的被动性和有限性;它是在我国民事诉讼改革过程中形成并不断完善的,经过近十几年的立法和司法实践已经形成了较为完整的制度体系。但是由于形成过程的渐进性,该制度在修补中难免出现前后矛盾和冲突的情况,特别是2007年《民事诉讼法》关于当事人申请再审的修改,更使这些矛盾凸显出来。具体表现在:新的再审规定强化了对人民法院依申请调查取证的监督,但也变相扩大了法院调查取证权,从而使这种对制度的完善与制度本身“去职权化”的理念相矛盾;而人民法院调查取证本身容易造成裁判者中立地位的偏失,与制度所追求的程序正义相矛盾。本文通过对人民法院依申请调查取证制度理论基础的分析,指出了人民法院依申请调查取证存在的必然性和应然性。首先,人民法院依申请调查取证行为是人民法院依据民事诉讼法的规定依法应当履行的义务,它与当事人依据证明责任所进行的调查取证存在明显不同,不能将人民法院认定为与当事人并列的证明责任主体。其次,人民法院依申请调查取证制度的完善和发展应当坚持“去职权化”的方向不变,同时要从人民群众对实体正义的需求和对法院维护公平正义的要求出发,平衡当事人私权自治和法院职权控制的关系,实现程序正义和实体正义的兼顾和协同。最后,针对人民法院依申请调查取证制度存在的问题,本文在总结地方法院司法实践经验和借鉴域外立法的基础上,从两方面提出了未来的发展建议。首先,在完善人民法院依申请调查取证制度本身方面,本文提出人民法院要准确把握对当事人调查取证申请的审查标准,在调查取证中实行调查人员与裁判人员的分离,同时要强化对人民法院依申请调查取证所获得的证据的质证,并要求人民法院履行必要的释明义务;另外,通过规范再审的启动,减少再审对人民法院依申请调查取证行为的不利影响。其次,为了保障人民法院的中立性,我国的民事诉讼改革应当积极构建人民法院依申请调查取证制度的替代性措施。通过对调查令制度的分析和地方法院调查令实施经验的总结,本文提出了建立调查令制度的几点意见;另外,从人民法院依申请调查取证制度存在的根源出发,建议我国民事诉讼立法对当事人举证予以必要的程序保障,通过赋予当事人必要的证明手段、规定对方当事人和诉讼外第三人的证据妨碍责任和协助调查义务,来解决当事人举证困难的问题。