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为缓解鱼粉供应紧张，降低饲料成本，本文以豆粕和棉籽粕为原料，通过混菌固态发酵法降解原料中的抗营养因子，提高营养价值，以期达到替代鱼粉的目的。使用酪素培养基平板筛选技术，从土壤中筛选得到一株有较高蛋白酶活力的菌株。经folin-酚法测定，酶活力达到30.71U，初步鉴定为枯草芽孢杆菌，命名为Bacillus subtilisBs11，接种于豆粕培养基（豆粕:麸皮:玉米粉=7:2:1，以下简称豆粕）进行固态发酵可使游离氨基酸含量达到81.32mg/g。比较枯草芽孢杆菌Bs11、酿酒酵母Sc1、酿酒酵母Sc2单菌、两菌和三菌发酵对豆粕真蛋白和游离氨基酸含量的影响。实验证明三菌混合发酵效果优于单菌和两菌发酵，三菌最佳接菌比例为Bs11:Sc1:Sc2=2:1:1。而后，研究三株菌混菌固态发酵条件，对接菌量、料水比、发酵温度和发酵时间4个因素进行单因素和正交实验。结果表明，最佳发酵条件为：接菌量5%，料水比1:1，温度30℃，发酵72h，豆粕中真蛋白含量达到41.88%，游离氨基酸含量达到90.76mg/g，比发酵前分别提高了22.03%和88.18%。通过添加醋酸棉酚的无糖查氏培养基和麦芽汁培养基平板筛选方法，从实验室保藏菌种中筛选出一株可有效降解棉籽粕中游离棉酚的Aspergillus oryzae As3.811。比较Aspergillus oryzae As3.811、酿酒酵母Sc1、酿酒酵母Sc2单菌、两菌和三株菌发酵对棉籽粕游离棉酚含量的影响，证明Aspergillus oryzae As3.811单菌发酵效果优于两菌和三菌发酵。利用其对棉籽粕培养基（棉籽粕:麸皮:玉米粉=7:2:1，以下简称棉籽粕）进行固态发酵，研究了接菌量、料水比、发酵温度和发酵时间4个因素对游离棉酚降解率的影响。优化试验结果表明，最佳发酵条件为：接菌量5%，料水比1:0.8，温度35℃，发酵36h，游离棉酚含量降至117mg/kg，降解率达到78.13%。测定发酵豆粕和发酵棉籽粕中主要营养成分和抗营养因子含量，表明豆粕和棉籽粕经固态发酵后，营养价值显著提高，抗营养成分大幅降解，无不良气味，蛋白含量已接近三级鱼粉的水平（三级鱼粉蛋白含量≥50%），游离棉酚含量降至安全范围（饲料原料棉籽饼粕中游离棉酚含量≤1200mg/kg），可以在一定比例上替代鱼粉。