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本研究分为两部分:第一部分构建超级杂交稻骨干亲本DNA指纹图谱的研究,选择与Y58S有近缘遗传关系并在当前杂交水稻育种中广泛应用的7个骨干光温敏不育系及Y58S与9311配组选育的超级杂交稻Y两优1号等18个杂交水稻品种,作为构建DNA指纹图谱的材料。运用SSR分子标记技术对以上材料进行检测,从60对引物中选择出12对具有稳定、清晰扩增产物的引物,用它们扩增得到的72条标记,对构建DNA指纹图谱所用的18个材料进行聚类分析。从这12对引物中选择3对引物扩增出的14条多态标记构建了这18个材料的DNA