医疗行业是事关我国国计民生的重点行业,在人民生活质量水平进一步提高的同时人们对于医疗服务质量也愈加重视,医疗服务要求越来越趋向多元化,对落后医疗管理体制的整体改革显得越来越紧迫和必要。因此我国公立医院开始施行“医药分离”政策。“医药分离”政策是指,医院销售药品不再获得额外收入,通过推进诊治费用与药品费用分开,切断医院、医生、药商之间的利益关系,切实控制医药费用的不合理虚高,以破除原有以药养医的机制,突出医院公益性,让公立医院重新转回“为民服务”为优先的公益大道上。该政策对公立医院整体收入结构等多方面影响了公立医院的发展。本文从我国公立医院2010～2018年的各项数据比较出发,阐述了我国药品管制政策和医药分离政策的推行现状,在这一背景下,结合公共产品理论、政府管制理论等,运用前-后对比分析法、结构变动度分析法,根据我国公立医院的机构运营和收入结构数据,选取具有代表性的有效指标比较医改前后的变化情况,分析基于医药分离政策的我国公立医院的机构运营和整体收入结构存在的突出问题。主要问题有:在机构运营方面,医疗资源过度集中,公立医院难以满足人民保养性医疗服务需求;在整体收入结构方面,补偿机制不到位,医药费用不合理且医药价格调整缺乏依据。最后从三个角度提出建议和对策:政府角度,应增加财政补偿,吸引多元化社会投资并建立规范有效监督机制;医院角度,应从机构运营和整体收入结构两个角度出发,优化医药分离的相关配套措施,并强对药品售价的控制,最后坚持经济效益与社会效益双赢的方向,建立现代化医院管理制度,医务人员则应遵循有效的激励性管制方式,规范处方标准,提升服务质量;药企角度,应从源头合理降低生产成本,确定统一参考价格。各主体共同努力使公立医院充分适应新医疗改革制度,促使其在能保证自身的良好运转的前提下充分发挥为人民提供主体医疗服务的社会作用,使其在崭新的医疗改革背景下稳步持续发展。