近年来高校发展日益加快,面临的挑战也逐渐多样化,科研项目作为高校的一项重要创新能力也面临着科研经费申请、使用、监督等多方面的问题。内部控制作为应用于企业的一种较为成熟的机制,是可以用于资产安全性、核查会计数据的可靠与准确、确保政策制度的贯彻和实施的计划以及相配套的方法和措施,对于改进我国高校科研项目现状有一定的建设性意义。我国高校在发展实践中缺乏一套较为完备、具有针对性的内部控制制度,因而虽然对内部控制出台了相应的《行政事业单位内部控制规范》,但是高校作为特殊主体,可以将内控规范用作指导,但是仍然需要考虑自身的特点,从而对于科研项目经费进行管控。本文从内部控制五要素出发,结合我国2014年1月1日推行的《行政事业单位内部控制规范(试行)》,分别作为理论基础和制度指南,结合案例A高校国家自然科学基金项目科研经费内部控制的现状进行研究,分析A高校存在的问题及问题的成因,针对性的提出解决对策,在案例基础上研究出一个较为可行的、针对性强的高等学校科研经费内部控制框架。