对17个来自中国不同地域的中国野生苹果砧木野生种和7个国外砧木品种及国内5个栽培种共53个样品,使用10对苹果属(Malus Mill)引物进行SSR分子标记以及nr DNA ITS序列分析。并结合先前对苹果属植物砧木杂交亲和性的研究,探索苹果属植物野生砧木间的亲缘关系和砧木杂交亲和性之间的联系。1.探索并总结出提取苹果属植物等含有较多多糖及多酚类物质基因组DNA的方法,并获得了纯度较高的基因组DNA。2.10对SSR引物55个苹果属样品基因组进行扩增,最后得出149对等位基因,等位点数从9到25,基因片段在80bp-800bp之间。根据不同的引物扩增出的结果所表现的多态性比率不同,总体分布在90.1%-99.6%之间。表明了苹果属植物之间的多态性。3.通过SSR分子标记及nr DNA ITS序列分析,并用软件绘制聚类分析图表明,苹果属植物野生砧木间的亲缘关系和砧木杂交亲和性之间有一定的联系,但是受到环境与变异的影响。通过实验结果证实山荆子组与常见栽培苹果品种亲缘关系较近也解释了山荆子组植物为何会成为目前应用最广泛的苹果砧木。