河流生态系统的任何变化都可能会影响水生生物的生理功能、种类丰度、种群密度、群落结构等，因此水生生物指标是反映河流生态系统健康与否的重要指标。目前，通过监测一些生物或其类群的数量、生物量、生产力、结构指标、功能指标及其一些生理生态状况的动态变化，来描述河流生态系统的健康状况的方法，得到了较多的应用。 本文主要对苏州河水系的浮游植物、浮游动物、底栖动物等水生生物进行了调查研究。将生物指标与理化指标结合起来共同用于评价河流水质健康状况，并探讨研究了生物指标在河流生态健康评价中的应用情况。主要研究结果如下： 1.从浮游植物生物量角度来看，苏州河水系各样点为富营养化水体；从浮游植物、浮游动物优势种角度来看，苏州河水系的水质属于α-中污、β-中污；而底栖动物优势种霍甫水丝蚓是高耐污的污染指示种。综上，用水生生物的生物量和优势种评价可知苏州河水系河流水质健康状况较差。 2.结合理化指标，用浮游动物Shannon-wiener指数评价河流水质健康状况，评价结果为：苏州河水系的水质污染程度普遍处于α-中污、β-中污；用底栖动物Shannon-wiener指数和G.B.I.指数来评价河流水质健康状况时，其评价结果为：苏州河水系的水质污染程度普遍处于重污染水平。 3.苏州河水系中各样点的浮游植物密度(叶绿素a浓度)与DO相关性很大。在不同情况下，浮游生物的H值与DO、透明度等理化指标具有一定相关性；底栖动物的G.B.I.指数与TP、透明度等极显著相关。 4.湖生卵囊藻、韦丝藻、卷曲纤维藻、水花束丝藻、逗点衣藻以及卵形隐藻这几种优势种可以作为苏州河水系中α-中污带和β-中污带的污染指示种；月形刺胞虫、琵琶钟虫可作为苏州河水系α-中污带的指示种，桡足类幼虫可指示α-中污带、β-中污带的水体。