现代社会高性能计算作为一种先进高效的科研手段，在经济建设、基础科研、工业设计、国防安全等领域被广泛使用，同时也是一个国家综合国力和科技竞争力的重要体现，是国家创新体系的重要组成部分。目前在我国高性能计算涉足的领域及其影响力正在逐步扩大。公共计算平台作为高性能计算普及和应用最好的载体，近年来兴起了一股建设热潮。全国各大城市都在计划或已经建成了各自的超级计算中心。而这些公共计算平台在建成后能够真正发挥科技创新助推作用，为区域经济发展提供动力，同时做到让自身可持续发展的几乎凤毛麟角。究其背后的原因，除了我国高性能计算应用水平低下，重硬件轻软件之外，更主要的还是这些计算中心自身的运营模式存在问题。本文以上海超级计算中心为例，通过研究和借鉴国外非营利科研机构管理经验和成熟计算中心的运营模式，深入分析上海超级计算中心在运营模式及管理制度存在的问题的基础上。结合当前我国公益性科研机构改革的方向，针对“一所两制”这一运营模式提出了完善和创新的建议。本文共分六个部分：绪论，主要介绍了选题研究的背景和意义，国内外研究现状以及研究思路和方法。同时对高性能计算在我国的兴起，我国公共计算平台的体制和公益性科研机构的改革进行了说明，收集了国内外对非营利科研机构和公益性科研机构管理研究的成果。第一章公共计算平台的服务性质及相关理论综述，主要阐述和总结了公共计算平台和非营利组织的概念及属性，介绍了我国目前大多数公共计算平台的运营模式和国家制定的发展目标，并且将新公共管理理论引入公益性科研机构管理中。第二章上海超级计算中心简介，介绍了了公共计算平台发展的几个阶段和上海超级计算中心的概况以及组织架构、业务模式等。第三章国外公共计算平台运营模式，以美国和欧洲的超级计算中心为例对计算中心的运营模式、组织架构、资金来源进行了详细的介绍。第四章上海超级计算中心运营模式存在的主要问题，这章描述了上海超级计算中心目前在运营规模、资金来源、后续发展中面临的困难。深入分析了导致中心陷入困境的几大原因，对运营机制和管理体制上存在的问题进行剖析。第五章上海超级计算中心运营模式及制度完善，对国内公共计算平台的格局进行了描述和分析，提出对上海超级计算中心重新定位，现阶段可借鉴“一所两制”作为上海超级计算中心的运营模式。这章的主要创新在于通过引入非营利组织管理和现代企业管理对“一所两制”这种运营模式中存在的弊端提出了完善建议，最终给出结论。