进入21世纪以来,产业集群已经被世界各个国家看作为提升区域竞争力的重要方式之一,成为产业发展的必然趋势。对产业集群创新能力的研究,不仅可以为产业集群保持可持续发展,获得持续的竞争优势,而且可以为政府对产业集群的政策制定提供参考。文章运用产业集群创新理论,以黑龙江省医药产业集群作为实证研究的对象,依据指标选取的原则,构建黑龙江省医药产业集群创新能力评价指标体系,并结合因子分析法对产业集群创新能力进行评价。首先,文章依据产业集群创新能力的理论,对产业集群创新能力进行细化,分为R&D活动人员情况、R&D活动经费情况,新产品开发和生产情况、专利情况、产业技术获取和技术改造情况和企业研发机构情况六个方面。随后依据指标选取的原则,将这六个方面分解为21个可测度的子指标,构成黑龙江省医药产业集群创新能力评价指标体系。其次,文章通过对多指标综合评价方法进行筛选,认为因子分析法最适合对创新能力进行评价,并构建了黑龙江省医药产业集群创新能力评价模型。并且与其他省份的医药产业、本省医药产业集群近五年的数据进行比较分析,找到黑龙江省医药产业集群创新能力不足之处。最后,文章针对黑龙江省医药产业集群创新能力的不足,从政府、集群、企业三个层面上提出对策建议,对以后黑龙江省医药产业集群的发展有着借鉴和现实意义。