基于外显子测序的脑部肿瘤体细胞突变分析

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肿瘤的发生发展伴随着基因组突变的积累和被选择,第二代高通量测序技术的发展使得肿瘤研究步入了基因组学时代。脑部肿瘤由于样本获取不易,成为肿瘤研究中的难点。为了拓展我们对脑部肿瘤形成机制的认识,结合外显子组测序技术,我们分别对Ⅱ型神经纤维瘤和脊索瘤进行了初步的研究。神经纤维瘤指起源于神经鞘细胞的一种良性肿瘤,当神经纤维瘤多发或伴发全身其它系统疾患时,称为神经纤维瘤病(Neurofibromatosis, NF),该病有三种类型,其中Ⅱ型神经纤维瘤病(Neurofibromatosis type2, NF2)是由于NF2抑癌基因突变导致的常染色体显性遗传疾病。通过对一例散发患者的Ⅱ型神经纤维瘤样本进行了候选基因Sanger测序发现在NF2基因11号外显子区域存在一个已报道的无义突变。克隆测序结果表明该突变在患者不同胚层来源的样本中的均存在,还发现该患者在克隆测序区域就存在较多的低频突变位点,因此我们对该患者及其父母的口腔样本进行了外显子组测序,在外显子组中也观察到患者的低频突变位点要多于患者父母。通过对比患者和患者父母外显子组测序结果,在钙释放激活钙调节蛋白3(calcium release-activated calcium modulator3,ORAI3)基因第二个外显子编码区发现一个de novo胚系突变,由于ORAI3基因参与调控细胞内钙离子浓度,而DNA修复系统的效率受到细胞内钙离子浓度的影响,因此我们推测该突变导致患者细胞内钙离子浓度调节出现问题,进而影响DNA修复效率,导致患者的低频突变位点要多于其父母和健康对照。脊索瘤是一种少见的、具有局部破坏性的低度恶性骨肿瘤,通常为散发,但也存在家系遗传的方式。研究表明编码brachyury蛋白的T基因的表达与脊索瘤的发生存在一定的相关性。本研究中对一例散发颅底脊索瘤患者的血液、原发和复发样本进行全基因组SNP分型和外显子组测序分析,结果表明患者肿瘤基因组未发生大的结构突变,也未发现在编码区域存在和肿瘤发生有关的突变,但是根据在嗅觉受体家族13(olfactory receptor, family4, subfamily K, member13, OR4K13)编码区发现的突变位点表明复发肿瘤来源原发肿瘤中非主要的子克隆群体。
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