随着上海白贸区的快速发展,人民币离岸市场规模不断壮大,国内资本市场加大对外开放度,我国跨境资本流动呈现出贸易顺差与储备资产增长背离、本外币利差与跨境资本流向背离的“双背离”情况,跨境流动资本呈现新的结构特征。本文从跨境流动资本币种结构、期限结构、投向结构三个方面来分析我国跨境资本流动所呈现的变化。其中,币种结构呈现出人民币流动规模占比增加的现状、期限结构中短期资本规模逐渐超过长期跨境资本规模从而主导跨境资金流的趋势,而投向结构的变化则体现在国内资本市场尤其股票市场已逐渐成为跨境资本流动套利的活跃平台。为研究我国股票市场受跨境资本流动结构变化的影响大小,并分析股票市场不同板块呈现差异化的波动特征,本文在理论部分运用经典模型对跨境资本流动动因原理进行解释,并对跨境资本流动结构变化如何通过货币供给量影响股票市场的机制进行解释。在现状部分对跨境资本流动三种结构的变化以及股票市场中主板市场和创业板市场的现状进行了详细的描述。通过选取代表币种、期限和投向的跨境资本流动结构指标以及上证综合指数、创业板综合指数,基于结构向量自回归模型(SVAR)进行实证研究,结果显示当前跨境资本流动中,短期跨境资本流动规模的增加和投向股票市场资金流动的变化对股票市场的影响结果不显著,原因在于短期跨境资本流动对全球经济产生的冲击效应使得各国对其采取了一定的管制措施,另外跨境资本流入我国股市的限制性造成了投向结构的变化对我国股票市场的影响不显著性；而币种结构中人民币跨境贸易结算资金规模的增加对我国股票市场的影响相比期限结构、投向结构更为显著,更进一步地,币种结构的变化对创业板市场的影响相比主板市场更加显著。由于目前我国对离岸市场发展的鼓励以及人民币国际化已进入实质性阶段,导致币种结构的变化对我国股票市场影响最为显著,而主板市场和创业板市场规模体量的区别、特征的差异又决定了币种结构对创业板市场的影响大于对主板市场的影响。最后,基于理论部分和实证研究的结果,提出我国应适度加强宏观调控与金融监管,在资本账户开放进程中防范和化解金融风险,并加强股票市场的风险防范和监管,包括对证券公司以及上市公司的监管与风险防范。