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峨眉髭蟾（Vibrissaphora boringii）隶属于无尾目角蟾科髭蟾属，分布于四川、湖南、贵州、云南和广西等省份。分布区域内复杂的地形易形成屏障，会阻隔不同地理种群之间的基因交流，导致种群间发生显著的遗传分化。为了验证这一假设，本研究以线粒体DNA为分子标记分析了峨眉髭蟾两个隔离种群的遗传变异情况，结合重大地质变化时间，探讨峨眉髭蟾两个隔离种群的遗传分化原因。应用线粒体DNA中Cyt b基因共1097bp的序列分析了四川、湖南两个隔离种群共76个样品的遗传变异及种群遗传分化模式，结果如下：1.峨眉髭蟾不同地理种群具有较高的遗传多样性。湖南地理种群33个个体1097bp的序列中存在67个变异位点，定义了13个单倍型，其中单倍型多样性（h）为0.814，核苷酸多样性（π）为0.029；四川地理种群43个个体1097bp的序列中存在4个变异位点，定义了8个单倍型，其中单倍型多样性（h）为0.671，核苷酸多样性（π）为0.001；两个地理种群的76个个体1097bp的序列中存在90个变异位点，定义了21个单倍型，其中单倍型多样性（h）为0.861，核苷酸多样性（π）为0.030；2.两个种群没有共享单倍型，两个隔离种群之间遗传分化指数Fst为0.73（P<0.05），明显大于0.25，种群间基因流较为贫乏，遗传分化显著；3.利用最大简约法和贝叶斯法构建的21个峨眉髭蟾单倍型的系统进化树发现，系统进化树分为A（四川）、B1（湖南）和B2（湖南）三个支系；4.根据分子钟理论和碱基变异速率，估计A支和B支的分歧时间大概发生在4.45-10.17Ma BP之间，这与第四纪冰期的时间相吻合，可能是第四纪冰期的冰川效应影响了不同地理种群之间的基因流，致使不同地理种群间产生了显著的遗传分化；5.利用Arlequin歧点分布和Tajima’s中性检测分析发现：四川支系经历了显著的种群扩张，而湖南支系的地理种群则保持稳定。