土地承包经营权入股制度对农地的市场化、产业化、集约化经营起到了积极的促进作用，但由于其部分规定模糊不清，具体规范不够细化，在土地承包经营权出资中，侵害农民权益的现象屡有发生，农民维权困难，社会弊端不断的暴露出来，集中表现在：土地承包经营权出资制度规范滞后于社会经济关系的发展，行政权力的过渡膨胀与农民维权能力的相对分散，失地农民增多与社会保障体系的相对落后之间的矛盾日益突显。　　 土地作为一种稀缺资源，具有很高的经济价值和社会价值，应该对其进行合理的配置。根据经济学原理，要提高土地产出效力，需要规模经济支撑。形成规模经济有以下两种途径：一是通过行政手段，将分散到农户手中的土地，聚集起来交给若干大农户来经营管理，形成大规模农业生产，但这种强制手段有可能侵犯农民合法权益；二是通过放开土地承包经营权，将土地承包经营权物权化，鼓励农民土地使用权的流转，以实现规模效益。就前者而言，通过行政手段实现规模经营，可能会侵害农民的合法权益，而土地承包经营权出资是目前土地使用权流转的一种新方式，也是目前我国相关立法与政策所鼓励的。但是，在我国农村社会保障体系还未健全的时期，在农业经营性公司等体制尚未完善的情况下，完全放开土地的流转，广泛实行土地承包经营权权出资，有可能会造成无地或少地农民数量的增多，导致农民生活没有保障。而且，目前土地承包经营权出资的法律尚不健全，出资过程中农民作为弱势一方的权益往往受到侵害，进而挫伤农民出资的积极性，影响农地市场化过程。因此，如何在土地承包经营权流转过程中，特别是在土地承包经营权出资过程中对农民权益进行特殊保护，是一个亟待研究的现实问题。　　 目前为止，国内理论界对于农村土地承包经营权流转的研究主要集中在转让、互换、抵押、出租等方面，较少涉及土地承包经营权的出资问题。即使有所论述，也仅仅限于表面，对土地承包经营权出资中农民利益的法律保障方面很少进行深入研究。农民权益保障问题是一个复杂的多元问题，采用学理建构的研究方法有益于厘清相关法律规则之间的关系，为更好的保护农民权益提供充分的理论依据。运用实证分析方法，通过实证调查研究我国农民在土地承包经营权出资中面临的困境，建构科学的保障农民权益的制度。运用理论联系实际的方法，在土地承包经营权出资中对完善农民权益保障制度而进行研究。　　 本文是在农民土地承包经营权市场化不断深入，农民利益亟待保障的背景下，通过对土地承包经营权进行物权性和社会保障性分析，阐明土地承包经营权出资理论基础，剖析土地承包经营权出资中农民权益缺损的制度瑕疵，从农民利益出发，对土地承包经营权出资进行立法、执法、司法及法律监督的制度构建。