半夏是我国的传统中药材,属于天南星科半夏属,为多年生草本植物。近三十年来,国际和国内市场对半夏的需求不断增长。半夏的人工栽培迎合了市场的需求,但是由于人工栽培时间短,栽培经验与技术少而不系统,过度依赖野生品种,导致其数量锐减,品种退化,加上半夏病虫病害的流行,给半夏生产带来不利影响。当野生半夏变为家种,病虫害在大面积和高密度的人工栽培条件下极易发生,且常常由于病毒的侵染,引起种质衰退。我们发现半夏上的病毒侵染与黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)有关,但是不知道其危害程度,也不清楚侵染半夏的CMV株系的遗传背景是否一致。同时,CMV是公认的植物病毒研究中的模式病毒,其与寄主的互作已被广泛研究。半夏来源的CMV株系由于与寄主的长期共同进化而显示出于与其它分离物的不同特征,所以本研究对分离自半夏的CMV株系进行了全长序列克隆,并对CMV基因组RNA1、RNA2和RNA3进行了序列同源性分析,特别对RNA3的CP基因和3a进行了深入的序列进化分析;同时,构建了侵染半夏CMV株系的全长侵染性克隆,通过与CMV标准株系Fny的重组交换研究了侵染半夏CMV株系的寄主生物学。 利用RT-PCR方法和双酶切克隆,首次从半夏上获得了CMV分离物(CMV-PGs)的全长基因组序列。序列同源性分析结果表明:CMV-PGs属于亚组Ⅰ B,PGs的RNA1全长为3336nt,与Fny的RNA1的同源性为89.4%,而1a基因的序列同源性为89.1%,其1a蛋白的序列与Fny的1a蛋白序列同源性为94.3%。RNA2全长为3037nt,PGs的RNA2与Fny的RNA2的全长序列同源性为87.6%,而2a基因编码858个氨基酸的蛋白,其与Fny的2a序列同源性为87.1%,2a蛋白的序列与Fny的2a蛋白序列同源性为87.3%。PGs的RNA2的2b基因全长333nt,编码一个111的小蛋白,与Fny的2b相比较,其核苷酸序列水平的同源性仅76.6%,由此推倒出来的氨基酸水平的同源性为73.9%。 为了更加准确地分析PGs-CMV的CP和3a序列进化趋势,加入了实验室分离的另外一个半夏分离物株系CMV-PNb的CP和3a序列,通过与其它已经发表的38个CMV分离物的CP和3a共同分析表明:在核苷酸水平,所有分离物的CP基因和3a基因形成了亚组Ⅰ A和亚组Ⅰ B,从CP基因上分析,半夏来源的CMV应该属于亚组Ⅰ B,但是从3a基因上分析,半夏的CMV分离物明