南瓜（Cucurbita L.）是一种耐储藏便运输,营养丰富,加工价值高,具有重要经济价值的蔬菜。我国主要种植三个南瓜栽培种,分别是中国南瓜（Cucurbita moschata）,美洲南瓜（Cucurbita pepo）和印度南瓜（Cucurbita maxima）。中国南瓜在我国的种植面积位于三个南瓜栽培种之首。中国南瓜粗生易种,其种类繁多,形态多样,种质资源丰富,但是,至今对中国南瓜开展基于农艺性状、资源来源、遗传多样性研究的系统研究较少。为了系统评价中国南瓜种质资源,以便较好地保存与利用中国南瓜种质资源,本研究通过对208份中国南瓜材料进行基于农艺性状调查以及基于SSR分子标记及InDel分子标记的遗传多样性分析,结果如下:通过对来自世界各地的208份供试材料进行7个主要农艺性状调查,分别是第一雌花节位,第一雄花节位,可溶性固形物含量,果实横径,果实纵径,果实厚度及单果重量,结果表明供试材料变异系数在29.22%57.61%之间,变异系数均值为41.22%,各品种性状差异明显。多样性指数在2.29-2.97之间,供试材料的多样性丰富,差异显著。通过调查的7个农艺性状数据将208份中国南瓜聚类成2个类群,I类群是果型中等偏大,II类群果型中等偏小;主成分分析中发现,三个主效因子的方差贡献率分别为36.28%、24.71%和15.80%,累计值为76.79%,基本概括7个农艺性状的主要信息,将供试中国南瓜划为2类,与聚类结果相关性显著。综合两种分析结果来看,在208份供试材料农艺性状聚类中,I-I亚群中B小类的20个品种,果形较大,可溶性固形物含量高;II-I亚群中的8个品种,果形大小适中,可溶性固形物含量高。对课题组前期开发的SSR标记以及InDel标记进行筛选,共得到19对SSR引物和6对InDel引物具有较好的多态性。其中19对SSR引物共扩增出79条清晰可重复的条带,多态性条带为65条,多态百分率为82.28%;6对InDel引物共扩增出24条稳定、清晰的条带,多态性条带为22条,多态百分率为91.67%。基于SSR标记与InDel标记聚类分析中,SSR标记能够较为准确地将208份供试材料进行分类,在遗传系数为0.683,将供试材料分为2大类群,I类群和II类群,I类群又根据遗传差异,在遗传系数为0.718处分为两大亚群,I-I和I-II亚群,其中在I-II亚群中,分为了5个小类。来源地为广东、泰国的蜜本南瓜被聚类为一小类,来自陕西、山西一带的蜜本南瓜被聚为一个小类,南方的果形为扁圆形被聚为一个小类,国内外的果形较小的一类南瓜被聚类到了一起以及类狗腿型的南瓜也被归类到一个小类,共5个小类。整个聚类结果与来源地和果形差异密切相关,聚类效果好。基于InDel标记的聚类结果及综合两种标记的聚类结果仅能将绝大部分供试材料关于来源地进行聚类,仍有部分材料未能区分开,其中关于蜜本南瓜的聚类与SSR标记聚类结果相近,互相印证。最后通过Mantel检验,结合SSR和InDel标记两种聚类结果关联性较高,说明两种方法的聚类结果较为一致,相关性显著。