沿海港口积极争取在内陆建立内陆港为其扩大腹地争取货源的主要方式,同时对于内陆地区来说,与内陆港互动发展也是推动经济发展的重要战略,作为国家特殊区域的保税港区与内陆港的互动发展更具有重要的意义,但是由于保税港区与内陆港都是新兴的事物,其互动发展过程是彼此完善的过程,对于已经建立互动发展关系的保税港区与内陆港来说,其发展是一个什么水平,是否符合预期要求对企业和国家来说具有非常重要的意义。根据保税港区与内陆港互动发展的特点,本文从宏观和微观两个层面,利用区域经济发展评价和关系质量理论归纳总结出二者互动发展的影响因素,并通过指标关联树法对初选的指标体系进行筛选最终建立了关键指标体系。在关键指标体系确立的基础上创新应用数据包络分析法建立评价模型,并同时采用指标综合评价法建立评价模型,以与数据包络法做比较,保证评价结果的科学合理性。文章最后通过厦门保税港区与其四个铁路内陆港：三明、南昌、赣州和吉安的互动发展作为实例,对模型进行了实证分析。本文通过理论模型的建立为保税港区与内陆港互动发展水平提供了一个可衡量的方法,并且以厦门保税港区与内陆港的互动发展为例进行实证研究,对厦门海沧保税港区与其内陆港的互动发展中存在的问题进行了分析,同时以三明内陆港的互动发展水平为相对衡量基准,分析了其它互动发展所处的水平阶段。