协同创新中心是国家创新系统的重要组成环节,它对于促进区域创新体系内的知识流通、推动基础研究和产业应用进一步结合、激励各地区产业技术升级的过程发挥着重要作用。在协同创新中心的建设过程中,协同创新中心运行机制是各创新主体从萌生合作意向开始,到创新成果绩效考核结束的全过程中所涉及的各环节运行机理、制度体系及作用方式的总和。河南省协同创新中心建设起步较早,在2012年我国开始组建第一批协同创新体系时,河南的13个省级协同创新中心和1个国家级协同创新中心便通过认定,并授牌成立。经过十年的发展,河南省已先后建成四批省级协同创新中心,并形成国家、省、校三级协同创新中心建设体系,在科技创新能力提升、人才汇集培养、经济社会推动等方面做出了巨大贡献。在此背景下,本文以河南省协同创新中心为研究对象,在综述了国内外现有研究的基础上,以协同理论、演化博弈理论和组织学习理论为理论依据。通过调查研究和数据统计分析,了解河南省协同创新中心建设和运行情况,分析河南省协同创新中心现行的运行机制以及其中存在的问题:第一,激励机制不完备。主要表现为没有全面挖掘协同主体的创新动力,激励措施无法达到理想的激励效果。第二,资源共享机制不健全。主要表现为协同主体之间融合得不够紧密,忽视个人在资源共享过程中的作用。第三,利益分配机制不合理。主要表现为对科研创新成果利益归属和权益划分还存在较大争议且利益分配流程不明确。第四,绩效评价机制不科学。主要表现为对于不同类型、不同领域协同创新中心的评价不具有针对性,缺乏对协同效果的评估,对考评结果的管理水平还较弱。第五,保障机制不完善。主要表现为科研经费管理水平还需加强,科技人才规模结构不甚合理。这些问题会对河南省协同创新中心的科技创新水平产生较大的滞后影响,对河南总体经济发展有不利作用。因此通过对协同创新中心运行机制影响因素的分析,运用演化博弈方法,构建学研方和企业方的演化博弈模型,并使用MATLAB软件对协同单位的演化路径进行仿真模拟,最终从参与主体内部驱动因素和协同中心外部保障因素两方面总结运行机制的影响因素,并基于影响因素,结合河南省协同创新中心各协同单位的实际情况,从激励机制、资源共享机制、利益分配机制、绩效评价机制、保障机制五个方面针对性地提出河南省协同创新中心运行机制的优化建议。