玉米是重要的粮食和饲料作物,也是全球种植面积最大、绝对产量最高、增产潜力最大的谷物和我国第一大作物。我国玉米平均单产6450kg/hm~2左右,最高单产记录也仅为24948kg/hm~2,与美国存在较大差距。创制高配合力玉米自交系,培育高产、优质、抗逆性强的玉米品种是提高我国玉米产量的根本途径。研究高配合力自交系关键基因组所在染色体区段,可为高配合力自交系的创制与改良提供遗传基础与技术捷径。本研究以重庆三峡农业科学院玉米科研团队创制的高配合力自交系‘966-14’及其衍生系为重点试验材料,在特征特性表型鉴定基础上,通过配合力研究、全基因组测序、生物信息学分析,得到以下研究结果:1.表型聚类分析结果表明,‘966-14’的子代、孙代衍生系在形态特征、质量性状和主要数量性状表现上与亲代自交系‘966-14’具有较大的相似性。2.配合力研究结果表明,亲代自交系‘966-14’及其衍生系‘04942’、‘0714’、‘12612’、‘1422’、‘1423’、‘14212’不仅一般配合力较高,而且与特定自交系杂交特殊配合力也好,属于高配合力自交系;对应同来源的亲代自交系‘966-2’、子代衍生系‘0712’、‘04941’、‘1261’和孙代系‘1428’属于低配合力自交系。3.遗传力分析表明,株高、穗位高、穗长、行粒数、百粒重的狭义遗传力较高,穗粗、穗行数的狭义遗传力较低。应用‘966-14’及其衍生系作基础材料创制自交系时,在低世代应注意选择植株和穗位相对较矮、果穗较长、行粒数较多、子粒大百粒重较高的变异个体,在高世代注意选择粗果穗、多行数变异个体。4.基因组测序结果表明,亲代自交系‘966-14’第1、2、4、10染色体上存在18个与已知模式自交系‘B73’DNA序列相同的染色体区段;高配合力衍生系‘04942’、‘0714’、‘12612’、‘1422’、‘1423’、‘14212’第1、2、4、10染色体相同位点上存在与‘966-14’第1、2、4、10染色体DNA序列高度同源的区段。在‘966-14’第1、2、4、10染色体的18个区段上,找到22个关键SNP,共获得169个基因,其中存在表达特异性的68个基因分别在玉米的根、茎、叶、花粉、花丝及在子粒形成发育上呈现出特异性表达,且大部分特异性表达基因在根和子粒发育中高表达。表明‘966-14’第1、2、4、10染色体上的18个基因组区段上的68个基因可能是与‘966-14’高配合力有关的关键基因组。