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本研究在牡丹江干流选择了9个典型的采样点，分别于2006年5月、7月、10月和2007年1月四次进行采样工作，并对所采集的浮游植物进行定性、定量分析。采用多元统计方法分析浮游植物的多样性和群落结构，利用Pearson相关性分析讨论了浮游植物与环境因子之间的相关性，为牡丹江干流水资源的保护和管理提供了参考性的依据。研究期间共鉴定出浮游植物8门120种及变种，其中绿藻门种数最多48种；硅藻门次之，32种；蓝藻门26种；其他门14种。年平均丰度和生物量分别为3755.07×10~4ind.／L和38.04mg／L。对四种浮游植物多样性指数的方差分析表示，各季节、各采样点间每种多样性指数都差异显著(p＜0.01)，表明其时空变化明显。牡丹江干流浮游植物Shannon-Wiener指数全年变化范围在0.19～4.57之间：Margalef指数全年变化范围在1.3～5.41之间；Pielou均匀度全年变化范围在0.02～0.83之间；Simpson倒数指数全年变化范围在1.01～17.59之间。Shannon-Wiener指数和Simpson倒数指数大致相同，都表现为：夏季＞秋季＞春季＞冬季，而Margalef指数为：秋季＞夏季＞春季＞冬季，Pielou均匀度为：春季＞夏季＞秋季＞冬季。参照浮游植物对不同污染程度水体的指示作用，结合各季节、各采样点的优势种对牡丹江干流水环境质量进行评价，结果表明：牡丹江干流整体水质较好，但春、夏、秋三个季节镜泊湖区和牡丹江下游桦林段存在轻微的富营养化，冬季水质得到较大改善。在对四季浮游植物四次开方的基础上，通过浮游植物聚类分析、多维尺度分析(MDS)来研究各季节、各采样点之间浮游植物群落关系。结果表明：聚类分析、多维尺度分析(MDS)的结果基本是一致的。浮游植物与环境因子间的Pearson相关性分析表明：浮游植物丰度、生物量与本研究所选环境因子间的相关性不十分显著。