我国农村合作社法律制度的法理基础有着两个方面的理论来源,一是马克思主义合作社理论,一是在国际社会通行的合作社基本原则。前者视野超出社员个体借以获得经济状态改善的狭隘范围,将合作社作为将广大范围的个体经济联合起来实现全国的生产活动按照总的计划有组织地进行的组织形式与生产单位,并谋求合作社之间的垂直领导与管理的体系化,成为社会主义国家政社合一体制的直接理论来源。后者强调利用者的主体地位,强调合作社的独立自主,形成以资格自愿开放、联合所有、民主控制、资本收益有限,按社员利用合作社的程度返还盈余为中心的合作社基本原则。建国前共产党领导的地区的农村合作社法律制度内容由简约到详尽,虽然带有一定的革命工具性色彩,但基本遵循了国际社会通行的合作社基本原则。建国后,在对农村个体经济进行社会主义改造(集体化)的过程中,教条主义地照搬了马克思主义合作社理论的一些结论,政社合一体制下的“合作社”(人民公社)的合作性丧失殆尽。改革开放以后,政社合一的农村经济社会体制解体,被以家庭承包经营责任制为基础的新的经济基础所替代。农村合作社政策、法律制度也适应这一变化,以恢复合作社的合作性质为方向进行了相应的制度改革与调整。同时以分业立法的形式,制定了为农村经济生活所需要的,符合合作社质的规定性并部分反映了合作社制度发展趋势的一些合作社法律制度,《农民专业合作社法》是其中典例。我国农村合作社法律制度仍有诸多不完善之处。除了表现于不同时期不同类型的合作社法律制度之间的矛盾冲突之外,缺乏系统的合作社法律理论构建也是最重要原因之一。合作社法律理论的构建,首先必须解决的问题应是《宪法》作出的合作社经济属于劳动群众集体所有制经济这一论断的解释问题。其次是以合作社的产权制度、事务管理与控制制度、盈余分配制度、政府与合作社的关系制度为核心,拾遗补缺,纠偏扶正。在此基础上,本着合作社自身特色,借鉴公司法律制度,对合作社法律制度进行多方面完善。此外,还需要因应农村经济发展的需要,构建“新一代合作社”法律制度。