牡丹是芍药属(Paeonia)牡丹组(sect.Moutan)植物,为我国特有资源,也是我国的传统名花之一。目前牡丹组植物的系统学研究主要是通过比较形态学、孢粉学、细胞学和分子生物学研究,确立了牡丹组各种的分类地位,系统调查了几个主要的栽培牡丹品种群,并对众多的品种进行了形态划分。但是有关牡丹不同来源品种间亲缘关系的比较分析研究报道较少。本文利用形态标记并结合ISSR-PCR技术,UPGMA聚类分析方法从基因组DNA扩增多态性的角度,研究部分引进牡丹品种以及国内栽培品种,不同花型、不同花色牡丹品种间的亲缘关系和遗传多样性,得到了牡丹品种之间的遗传距离图谱,为进一步研究牡丹组植物的演化关系奠定了基础。主要的结果如下：1.本研究对不同来源牡丹品种的41个形态性状进行统计分析,结果表明：牡丹组植物具有丰富的形态多样性,变异系数介于14.30%与158.99%之间,平均变异系数为44.49%。通过主成分分析,将41个性状综合为10个主成分,累积贡献率为59.97%,能反映牡丹品种形态性状的绝大部分信息。第1、3、5、6、7、8、9主成分可以合并为第1因子,主要反映花的特性(雌雄蕊瓣化情况、花瓣基部色斑情况、花径、花高、花型、花态、花色等)；第2、4、10主成分可以合并成第2因子,主要反映叶的特性(新枝长、复叶类型、叶长、叶宽、侧小叶形状、小叶叶尖形状等等),主成分分析结果支持聚类分析结果。基于形态性状的聚类分析把这些品种聚为两类：第一类绝大多数为国外品种,其特点为叶表面无色晕、花径较大、花瓣无色斑、花期晚、花朵向上；第二类同时包含了国内和国外品种,但它们可以通过进一步的聚类加以区分,其特点为叶表面无色晕、花径较小。聚类结果显示通过形态多样性分析可以把不同来源的牡丹品种分类。在牡丹育种中,选择来源不同的亲本,有可能得到性状优良的杂交后代。2.采用ISSR-PCR分子标记技术对供试牡丹品种的遗传多样性进行了分析,从55条引物中筛选出能获得清晰条带且多态性好的19条分别对供试材料基因组DNA进行扩增,共获得188条清晰可辨的条带,其中多态性带177条,多态位点百分率为94.1%,多态性较高。POPGENE软件计算结果表明,供试牡丹品种平均有效等位基因数为1.514,平均Nei’s基因多样性指数为0.3085,平均Shannon信息指数为0.4713；应用NTSYS软件计算得到各品种间的相似系数介于0.3294和0.7744之间,平均为0.5722。UPGMA法将供试品种分成2个类群,聚类结果与来源及花型花色相关。两种标记方法对不同来源牡丹品种遗传多样性的评价相近。