马铃薯抗旱相关microRNA的鉴定及分析

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MicroRNAs (miRNAs)是一类长度约为21~25个核苷酸、非编码的内源单链小分子RNA。通过对miRNA所调节的靶mRNAs的研究发现,miRNAs对植物器官的形态建成、生长发育及对外界环境胁迫的应答能力等生物学过程具有调控作用。近年来,利用克隆和生物信息学方法在植物中已鉴定出数百条miRNAs和靶基因。马铃薯是农业中第四大作物,对其抗旱性的研究具有重要的作用。目前通过计算机预测法已获得了80多条马铃薯的miRNAs及其可能调控的靶基因,但与马铃薯抗旱相关的miRNA报道还较少。本研究利用高通量测序方法及生物信息学手段,预测出与马铃薯抗旱相关新的miRNAs,对靶基因进行预测后得到靶基因位点及靶基因miRNA数量,并对马铃薯中已知及未知miRNAs进行差异性分析,为后续马铃薯抗旱性相关研究提供一定的数据信息基础。研究结果如下:1.以马铃薯栽培品种紫花白为试验材料,利用软件Mireap对高通量测序获得的干旱胁迫处理及其对照材料miRNAs进行分析和预测,在干旱胁迫处理材料和对照中分别获得566和674个与抗旱相关新的miRNAs。2.通过高通量测序对两个样品中表达的miRNAs进行统计和差异性分析。结果表明,在干旱胁迫下,处理样品和对照样品中共发现929个已知miRNAs和239个未知miRNAs。其中,已知的miRNA在处理样品中有471个,对照样品中有458个,且44个miRNA呈现下调表达,45个miRNAs呈现上调表达。同时,有239个未知miRNAs的差异性显著,其中112个未知miRNAs呈现上调表达,127个未知miRNAs呈现下调表达。3.对预测出的miRNA进行靶基因预测,在干旱胁迫处理样品中预测得到新miRNAs对应的靶基因位点有10584个,在对照样品中预测得到新miRNAs对应的靶基因位点有15115个。
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