杜洛克猪饲料利用效率参数估计及候选基因HLCS关联分析

来源 :中国农业科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:douche
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饲料成本占养猪成本的70%以上,尤其是在大规模集约化生产的情况下,饲料利用效率的重要性更是不言而喻。现阶段饲料利用效率的改良是遗传育种学家对猪进行持续生长速度和背膘厚选择的间接反应。与国外的猪的育种工作相比,我国猪育种的基础参数研发及应用方面还存在着诸多基础工作滞后,饲料利用的测定长期借鉴国外,没有结合我国的实际情况,同时由于我国猪场数量庞大,测定获得的大量数据缺乏统一的测定规范和标准,这样获得数据并不能直接用于遗传评估。同时饲料利用效率是一个复杂的性状,主效基因及其调控机制仍没有明确定论。因此本研究利用全期测定的1292头美系杜洛克为研究对象,分析饲料利用效率的测定阶段、制定RFI校正公式并在前期GWAS研究的基础上进行候选基因的进一步分析。主要研究内容及结果如下:  1.利用SAS软件通过四种不同的计算方法分别计算90-180d、105-180d、120-180d、135-180d、150-180d、165-180d六个阶段的RFI及各个阶段的相关性,结果表明:不同计算公式下,均是105-180d和全期的相关性最高,适配回归方程极显著(P<001),拟合度较高,达到了0.9734。说明105-180d测定阶段替代全期测定的方法用于早期饲料利用的选择是可行的。  2.利用MTDFREML软件对杜洛克群体的饲料利用效率相关性状:剩余采食量(RFI,Residualfeed intake)、饲料转化率(FCR,Feed conversion ratio)、平均日采食量(ADFI,Average daily feedintake)、平均日增重(ADG,Average daily gain)、100Kg背膘(100KgBF,100Kg Back fat)、90日龄体重(90dBW,90d Body weight)、180日龄体重(180dBW,180d Body weight)、代谢中间体重(MBW,Metabolism middle body weight)、眼肌面积(LEA,Loin eye area)、总采食量(TFI,Total feed intake)、总采食次数(TNT,Total number of times)和总采食时间(TFT,Total feed time)进行描述性统计、遗传力、遗传相关和表型相关分析。结果表明这些性状都为中等遗传力性状,遗传力介于0.18~0.46之间。RFI性状与FCR和ADFI的遗传及表型相关性比较高;FCR与RFI、ADFI和ADG的遗传相关和表型相关性比较高。  3.采用线性插值及SAS的NLIN过程对杜洛克猪100Kg RFI制定校正公式,得出公母猪校正系数分别为0.0519、0.0179。然后利用此校正系数,计算出早期性状的校正值和全期性状的校正值,并做简单相关和典型相关分析,结果表明:相关系数达到极显著水平(P<0.01)。  4.前期全基因组关联分析(GWAS)结果显示:最显著位点ASGA0059961位于HLCS基因内。基于上述研究结果,本部分试验选择HLCS基因作为影响猪RFI性状的候选基因进行深入研究。混池测序、质谱分析并与饲料利用效率进行关联分析。结果发现:HLCS基因的启动子区发现一个SNP位点rs417014705 G>A与杜洛克猪RFI、ADFI、FCR、TFI极显著相关(P<0.01)。卡方检验结果表明:rs417014705 G>A位点具有低度的遗传多样性,其基因频率和基因型频率在试验杜洛克群体中未达到Hardy-Weinberg平衡状态。以上结果表明,可将猪HLCS基因的rs417014705 G>A位点作为育种工作中猪饲料效率的遗传标记进行更为深入的研究。
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