中国经济已由高速增长转向高质量发展阶段,迫切需要立足新发展阶段、贯彻新发展理念、构建新发展格局,以技术创新推动经济的高质量发展和“五位一体”发展。“十四五”规划中指出,“要坚持创新在我国现代化建设全局中的核心地位,深入实施创新发展战略,完善国家创新体系,加快建设科技强国”。作为创新力量的“矛”,科研机构的发展和强大起着决定性的作用,而科研项目更是成为了科研和创新的具体载体。为了推动我国科技水平的提升和科研项目健康快速发展,我国政府对此给予了大力支持,不断加大资金上的投入。但是,对于科研经费的使用,目前还存在着很多的问题。虽然国家颁布了一系列的法律法规对科研经费的使用加以规范,但是科研经费使用管理混乱的问题却屡见报端。科研项目是促进我国科技水平发展的主要活动,必须要加强对科研经费的管理,真正为科研项目贡献力量。本文在阐述科研经费控制理论的基础上,以中科院昆明动物研究所为研究对象,对其科研经费使用管理模式进行分析,为其他研究所在科研经费的管理提供相关建议。同时,针对于中科院昆明动物研究所在科研经费的开支和管理环节中存在的弊端进行分析,并根据相关的问题提出合适的解决方案。本文结合内部控制理论、风险管理理论、DEA效率评价模型等相关理论,同时采取的研究方法主要有文献综述法、调查研究法、比较法、案例分析法等,以中科院昆明动物研究所为例,在国内外相关学者对于科研经费使用及管理的研究基础上,对当前中科院昆明动物研究所科研经费的使用现状进行分析,明确了其在科研经费申请、使用、决算等方面所存在的问题,对此,提出事前防范、事中控制和事后监督的管理方式,并从控制活动、信息沟通、内部管理等方面提出加强科研经费管理的重要建议,希望能够对中科院昆明动物研究所科研经费的使用和管理提出可行性的建议。