西藏藏族人群C/D重组型乙肝病毒全基因序列分析

来源 :中国疾病预防控制中心 | 被引量 : 1次 | 上传用户:faith661
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目的:了解藏族人群中流行的乙型肝炎病毒(HBV)基因型、血清型和基因突变情况;研究藏族人群HBV基因重组特点,初步探索该地区特殊基因型的地区分布情况。方法:利用酶联免疫吸附测定(Elisa法)定性检测乙肝病毒血清标志物,获得HBsAg阳性样本。利用DNA提取试剂盒提取H BV DNA,采用巢氏PCR法分段扩增HBV DNA,将PCR产物送公司进行测序。利用DNAstar软件包中的Seqman模块拼接得到乙肝病毒全基因序列,利用MEGA5.0软件进行氨基酸突变分析、核苷酸同源性分析和构建系统发生树,利用BioEdit软件进行序列比对和分析HBV基因突变情况,最后用Simplot软件进行HBV的基因重组分析。结果:应用该方法获得12株藏族人群HBV全基因序列,分析结果显示12株样本为C/D重组型,其中9株样本(TibetShannan-4、TibetAli-1、TibetAli-2、TibetAli-3、 TibetAli-4、TibetAli-5、TibetLasa-1、TibetLinzhi-1、TibetLinzhi-2)的重组位点位于nt750,3株样本(TibetShannan-1、TibetShannan-2、TibetShannan-3)的重组位点位于nt1526,据此可分为两种重组方式,分别命名为C/Da和C/Db;基于乙肝病毒全基因序列构建的系统发生树显示,12株样本处于C基因型分支内,且与现有的C1-C15亚型形成了不同的分支。从总体序列同源性来分析12株样本均属于C基因型,且与现有的C1-C15亚型的核苷酸差异均大于4%,与C1亚型最为接近。本研究中的12株样本的前C区1896位点均为G,未突变为A,从而没有形成终止密码子来终止HBeAg的表达。BCP区有两个样本即TibetLasa-1和TibetShannan-4发生了A1762T.G 1764A双位点突变,其他10个样本均未发生此种双位点突变,突变率为16.7%。 S区126位氨基酸TibetShannan-1、 TibetShannan-2和TibetShannan-3均为谷氨酸GAG,TibetLinzhi-1也为谷氨酸GAG,其他8株均为丙氨酸GGG。而第145位氨基酸12株样本全是TTC。从地理分布来看,C/Da来自西藏中部和北部的拉萨市、阿里地区和林芝地区,C/Db均来自西藏南部的山南地区,提示两种重组型C/Da和C/Db在西藏地区的地理分布具有一定规律。研究结果可为西藏地区特殊HBV基因重组、基因特征分析、病毒进化研究以及当地乙肝防控提供参考。
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