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本实验将FSHR基因作为繁殖性状的候选基因,对其5′侧翼调控区和第10外显子进行扩增、测序、序列比较和PCR-SSCP检测,研究该基因在荷斯坦奶牛不同个体之间的差异以及基因多态性与奶牛超数排卵处理效果的关系,为进一步优化荷斯坦奶牛超数排卵技术和提高可用胚胎数提供分子水平的依据。实验结果如下:1.根据GenBank报道的山羊FSHR 5′侧翼及牛FSHR第10外显子序列设计引物,以荷斯坦奶牛、沼泽型水牛和河流型水牛的基因组为模板,应用PCR技术,克隆和测定了FSHR基因5′侧翼和第10外显子序列。序列比较分析结果表明,FSHR基因5′侧翼序列长度在三个牛品种之间存在差异,其中荷斯坦奶牛为961bp,沼泽型水牛为963bp,河流型水牛为964bp,这种差异主要来自碱基插入/缺失的数目差异。以荷斯坦奶牛序列为准,沼泽型水牛发生了32个碱基变异、1个碱基缺失及3个碱基插入;河流型水牛发生了24个碱基变异和3个碱基插入,而序列同源性为98.9%的沼泽型水牛与河流型水牛发生了10个碱基突变和1个碱基缺失。FSHR基因第10外显子的序列长度均为1234bp。沼泽型水牛和河流型水牛与荷斯坦奶牛序列相比,同源性分别为99.1%和98.7%,分别有11处和15处碱基变异,其中5处引起氨基酸改变;而序列同源性高达99.5%的沼泽型水牛与河流型水牛发生了6个碱基突变,引起1处氨基酸密码改变。2.采用PCR-SSCP技术对荷斯坦奶牛FSHR基因5′侧翼和第10外显子进行多态性分析。结果表明:在所划分的9个片段上,发现5-1、10-3及10-5片段存在多态,且群体多态信息含量均达到了中度多态（0.5＞PIC＞0.25）。（1）5-1片段中出现AA,BB和AB三种基因型,测序结果发现BB基因型相对于AA基因型分别在第-692位、-667位、-585位和-550位序列处产生A→G、C→G、C→T和C→T碱基突变;统计表明优势基因型为AA型,基因型频率0.50,优势等位基因为A,基因频率为0.625;X2检验表明,荷斯坦奶牛X2=6.3973,X0.052＜X2＜X0.012,即0.01＜P＜0.05,差异显著,群体不处于Hardy-Weinberg平衡状态。（2）10-3片段中也出现AA,BB和AB三种基因型,测序结果发现10-3片段中BB基因型相对于AA基因型,分别在第1473位、1506位和1647位序列处产生C→T、T→C和A→G碱基突变;统计表明优势基因型为AA型,基因型频率0.53,优势等位基因为A,基因频率为0.708;X2检验表明,荷斯坦奶牛X2=0.2005,X2＜X0.052,即P＞0.05,差异不显著,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。（3）10-3片段中也出现AA,BB和AB三种基因型,测序结果发现10-3片段中BB基因型相对于AA基因型,分别在第1974位、2008位和2056位序列处产生C→G、C→T和A→C碱基突变;统计表明优势基因型为BB型,基因型频率0.58,优势等位基因为B,基因频率为0.736;X2检验表明,荷斯坦奶牛X2=0.8858,X2＜X0.052,即P＞0.05,差异不显著,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。3.分析发现:三个片段的基因型对排卵数、可利用胚胎数及胚胎可利用率的差异均不显著（P＞0.05）;而年龄的排卵数差异显著（P=0.0148,P＜0.05）,可利用胚胎数及胚胎可利用率的差异均不显著;年龄*基因型效应对排卵数和胚胎可利用率的影响均不显著。