在我国高等教育改革“去行政化”,高校办学自主权扩大,高校管理重心下移的背景下,各高校二级学院将成为大学办学的主体单位,成为大学教学、科研、社会服务与文化传递的中心。各高校二级学院院长作为大学中层组织机构的负责人,也将承担大学教学、科研、社会服务和文化传递的职能,大学二级学院院长将是实现大学办学目标,人才培养的关键点。因此各高校二级学院院长的重要性也日益凸显,各高校如何选拔出适合带领中层组织机构发展的负责人,各高校二级学院院长的职责定位、具体职责是什么是本文研究的主要内容。然而目前我国大陆地区大学二级学院院长职责定位模糊,工作内容繁杂,缺乏对大学二级学院院长职责的具体规划。大陆地区大学二级学院院长选拔机制尚未建立,选举办法并不适合学院发展,选举程序简单便捷,选举整个过程体现了学校上层管理者的意识。本文由海峡两岸大学二级学院院长职责与选拔制度的现状分析,海峡两岸大学二级学院院长职责与选拔制度的比较分析,以及对大陆地区大学二级学院院长职责与选拔制度的借鉴与启示组成。文章采用文献归纳、比较研究、观察、访谈和文本分析的研究方法。比较分析后可知台湾地区大学二级学院院长主要职责是行政管理,职责方向明确,职责目标清晰。从二级学院院长选举制度的制度产生、制度产生方式、选举方式、选举主体、选举过程及选举标准几方面进行比较分析,可知台湾地区大学二级学院院长选举制度优于大陆地区大学二级学院院长选举制度。其遴选制度的产生,遴选的选举方式,多层次多元化的选举主体,以及规范的选举程序与选举标准,及整个选举过程中民主决策、民主管理、民主参与、公开性、透明性的体现,都值得大陆地区大学二级学院院长在选举制度的建立方面进行学习与借鉴。通过对二者之间的比较分析,最后根据大陆地区大学二级学院院长的情况,建构出适合大陆地区大学二级学院院长的遴选办法,并建构出大陆大学二级学院院长的职责明细。建立大陆地区大学二级学院院长选举制度,规范大学二级学院院长职责内容,是完善我国现代大学制度建设的一部分。