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世界上超过6%的耕地是盐碱地,因此种植耐盐植物是当务之急。用耐盐陆地棉种质“中棉所35”做父本,盐敏感陆地棉种质“南丹巴地大花”做母本进行杂交,研究陆地棉苗期耐盐性遗传基础。利用277个F2:3群体中共筛选出5178个SNP标记构建遗传图谱,图谱跨度为4768.098 cM,平均距离为0.92 cM。在三种处理条件中(0 mM、110 mM和150 mM盐处理)共检测到66个与耐盐性相关的10个性状的QTL;其中有14个QTL在多个环境均能检出,解释表型变异的2.72%?9.87%,父母本的贡献比例为3:1,10个来自盐敏感亲本,4个来自耐盐亲本;5个QTL位于At亚组,9个QTL位于Dt亚组。此外,确定了8个基因簇,鉴定出12个与耐盐性相关的关键基因。本研究中,基于单核苷酸多态性的简化基因组测序(GBS-SNPs)的遗传图谱是第一个利用陆地棉耐感盐材料构建的高密度遗传图谱,有利于对陆地棉耐盐性更深入研究;基因簇则可用于进一步的QTL精细定位和克隆。纤维品质和产量的提高对于棉花驯化和育种至关重要,随着纺纱技术的转变和市场的多样性需求,棉纤维品质和产量的发展具有更重要意义。本研究中获得的分离群体,父本具有较好的品质,母本具有较高的产量,同时满足对产量和品质的需求。共鉴定出11个性状的110个QTL,有30个QTL在至少两个环境中与重复检出,单个QTL表型变异的最高百分比达15.45%。发现两个主要QTL簇区域,包括簇1(Chr17-D03)和簇2(Chr26-D12),在这两个QTL簇区域中鉴定了5个候选基因。基于GO功能注释,所有基因与纤维发育高度相关,具有蛋白激酶和磷酸化等功能。这五个与品质相关的基因包括:Gh_D03G0889与马克隆值(qFM-D03_cb)相关,Gh_D12G0093与比强度(qFS-D12_cb)相关,Gh_D12G0410、Gh_D12G0969和Gh_D12G0435与纤维黄度(qFY-D12_cb)相关,接下来需要进一步基于结构注释和精细作图来确定5种候选基因在纤维品质和产量相关途径中发挥的特定作用。