党的十九届三中全会中强调要“转变政府职能,优化政府机构设置和职能配置,发掘体制机制的弊端,强化事中监管,构建科学规范、系统完整、运行高效的国家机构职能体系,提升国家治理能力”。行政事业单位作为政府在国家治理活动中的重要职能部门,在依法行政、执法监督、公共服务、社会治理等方面发挥着巨大作用。建立有效的内部控制不仅可以规范单位管理,促进各项工作顺利开展,保护国有资产的安全性、完整性,还能够提高行政运行能力和效率,节约行政管理成本,更好的履行职能。但行政事业单位内部控制起步较晚,目前还处于内部控制实施的初期,2014年才开始执行《行政事业单位内部控制规范(试行)》,不少单位未能按照《关于全面推进行政事业单位内部控制建设的指导意见》在2016年底前完成内部控制合规性建设,还存在不作为、腐败、铺张浪费等很多问题,没有完全达到内部控制的目标,不利于行政工作的透明化,保证财务信息的真实可靠和对经济活动风险的防范和管控。导致资金没有达到最大利用率,从而无法实现公共服务最大化。本文以行政事业单位内部控制相关理论和规定为依据,以重庆市A水利局为研究对象,开展了对其内部控制的研究。首先,对水利局内部控制工作组织情况、机制建设、制度设置、预算、政府采购业务等现状进行了分析;其次,对单位的内部控制存在的问题进行深入的研究,研究结果表明:(1)在单位层面存在未设立独立的内部监督部门;关键岗位人员管理薄弱;内部管理制度不完善;内控信息系统有待完善;风险评估工作保障机制不健全等问题。(2)在四个业务层面存在预算执行不刚性,调剂随意;缺少对收支业务报告分析;政府采购论证不够合理,未执行会议审议;未经招标擅自选择项目咨询单位等问题。最后,针对A水利局内部控制存在的问题,具体提出对应的优化方案:(1)在单位层面应健全单位内部控制关键岗位培训、轮岗、评价机制;引进大批信息化专业人才,及时的对系统问题进行维护和升级,提供技术咨询服务和培训等。(2)在业务层面应严格把控预算调整类别;优化收支管理制度;正确选择政府采购方式;加强“随机抽取”方式的控制等。本研究成果不仅有助于A水利局对自身内部控制建设水平更深入的了解,实际解决单位内部控制存在的问题,而且能够给予同类型的单位一定的实践操作依据,为行政单位内部控制建设发展提供参考价值。