在现代经济社会中，资源配置效率一直是理论界研究的热点问题。一个完整的资本配置过程包括两个环节：一是通过外部资本市场解决资金在不同企业之间的配置问题；二是通过内部资本市场进行资金的流动和资本的配置。内外部资本市场在资本配置过程中是相辅相成、密不可分的，忽视其中任何一个环节都会降低资本配置效率。对于外部资本市场的配置效率问题的研究，已经处于一个相对成熟的阶段，而对于第二个环节的配置效率问题的研究，目前还处于起步阶段，尤其是对交通运输行业的内部资本市场配置效率的研究目前还处于空白阶段。因此，本文从公司治理结构角度出发，对交通运输行业内部资本市场的现状进行分析研究，并通过实证研究分析方法，对交通运输行业第一大股东持股比例、管理层持股比例、独立董事所占比例与内部资本市场配置效率之间的相关关系进行实证研究。通过研究发现，交通运输行业的第一大股东持股比例与内部资本市场配置效率呈负相关关系，即控股股东降低了内部资本市场的配置效率，主要原因是因为交通运输行业股权集中度较高导致的；交通运输行业管理层“零持股”现象普遍，管理层缺乏有效激励，对交通运输行业内部资本市场的配置效率未起到促进作用；交通运输行业虽然设立了独立董事，但是因其缺乏真正的“独立性”，亦未能起到促进内部资本市场配置效率的提高。鉴于此分析结果，本文提出相关政策建议，以期提高交通运输行业的内部资本市场配置效率，提升企业价值。