在青藏高原区被称为青稞的裸大麦（Hordeum vulgare L.）是当地第一大粮食作物和经济作物。其生产和发展水平是影响当地农业发展、人民生活水平提高和社会稳定的最基本因素,在农牧交错的藏区具有突出的战略意义。西藏生态环境千差万别,使得青稞蕴藏着丰富的种质资源,且具有特有的等位变异。为了解其遗传多样性,提高西藏青稞育种组合选配的针对性和育种效果,本研究利用覆盖西藏所有种植区域,即来源于西藏7个地市,共310份青稞地方品种为试验材料,进行连续2年6个主要表型性状的综合鉴定,评估遗传多样性,并对310份种质光周期基因PPD-H2进行重测序和单倍型分析。主要结果如下:1)表型鉴定结果表明:6个性状的Shannon-Weaver多样性指数变异幅度为1.3～1.42,平均值为1.38,其中千粒重和抽穗期的多样性最高;6个性状的平均变异系数为11.00%,变幅度为5.45%～13.85%,其中穗粒数的变异程度最高,成熟期遗传变异最小,最为稳定;西部地区（日喀则、阿里）的品种表现为早熟,矮秆、穗粒数少、千粒重高;东部地区（昌都、林芝）的品种表现为晚熟、穗粒数多和千粒重低;6个表型性状可归为4个主成分,依次为成熟期、穗长、穗粒数和千粒质量;按表型性状的综合得分（F值）大小,筛选出综合性状表现优异的青稞种质10份;聚类分析将310份青稞种质在欧氏距离为14时被划分为4个组,聚类结果与材料地理来源较吻合。2)分子标记鉴定结果表明:西藏青稞地方品种以显性Ppd-H2为主,其中显性PpdH2和隐性ppd-H2等位基因的比例分别为92.64%和7.36%。隐性ppd-H2类型主要分布在日喀则材料当中,在拉萨、那曲、阿里的材料中没有发现隐性ppd-H2类型。在277份带有显性Ppd-H2的参试材料中,共检测到20个等位变异,包含11个SNP和9个Indel,共形成8种单倍型,分别命名为H1-H8,ppd-H2命名为R。9种单倍型在西藏青稞种质中出现频率为:H2（65.22%）＞H5（21.74%）＞R（7.36%）＞H3（3.68%）＞H1、H6、H7、H8（0.33%）。其中H2、H3、H5和R是西藏青稞最主要单倍型。拉萨和林芝地区的主要单倍型是H2,当地几乎全部材料为H2型,日喀则、山南、昌都和阿里地区的主要单倍型是H2和H5。稀有单倍型H1、H7和H8均仅分布于山南地区,而H6也仅分布在日喀则地区,为该区特有单倍型;使用多重比较方法分析了4个主要单倍型与农艺性状之间的关联,结果发现单倍型H2为晚熟类型,而H5则为早熟类型,两种单倍型的抽穗期相差了7天左右。单倍型H3品种株高、穗长、穗粒数平均值最大;单倍型H2品种千粒重平均值最大;而R品种株高、穗粒数、穗长平均值最小;单倍型H3品种千粒重最低。