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油菜种皮颜色决定于其原花色素含量。在拟南芥等模式植物中原花色素合成途径得到充分阐释,但油菜是否具有与拟南芥相同的调控途径还有待研究。本研究利用已公布的原花色素合成途径基因同源序列设计引物,通过筛选芥菜型油菜黑籽品种紫叶芥基因组BAC文库,测序分析发现TT5、TT6、TT18基因各得到4个拷贝,TT19基因3个拷贝,TT1、TT2和BAN基因各2个拷贝、TT3基因1个拷贝。根据各拷贝序列设计特异引物,扩增四川黄籽中同源序列,序列比较发现四川黄籽与紫叶芥之间除TT1-180A5、TT5-181K10、TT6-22018、TT18-181K84个拷贝的编码区序列差异较大(26-60bp)外,其他拷贝差异碱基较小(0-6bp)。同时进行BAC末端测序,并用基因各拷贝编码区及其所在BAC的末端序列在白菜网站进行BLAST,预测了各拷贝所在基因组及在A基因组各拷贝所在染色体位置,发现在芥菜型油菜的A和B基因组上同时存在上述基因,其中A基因组中A1染色体有TT18和BAN基因,A2染色体有TT19基因,A3染色体有TT5、TT6和TT18基因,A7染色体有TT5基因,A8染色体有TT2基因,A9染色体有TT1、TT3、TT5、TT6等基因。运用MEGA4.0构建了TT1等基因的系统进化树,揭示了芥菜型油菜与其他物种的进化关系。上述基因表达的RT-PCR分析发现TT3、TTl8、BAN的所有拷贝以及TT19的两个拷贝在四川黄籽授粉15天的种皮中都不表达,而在其黑籽近等基因系NILA及NILB的种皮中均表达,表明这些基因拷贝可能参与了油菜种皮中原花色素的生物合成途径。在此基础上,进一步从四川黄籽和紫叶芥中克隆了TT1-180A5、TT3-29J10、TT18-5402、TT18-91K10、BAN-82J1和BAN-34P216个基因拷贝的启动子序列,发现除TT1-180A5以外,其他拷贝在这两个材料中的启动子序列都无差异。在紫叶芥中TT1-180A5转录起始位点上游-688bp到-693bp处有一个MBS元件,而在四川黄籽中却没有,该元件是一个MYB结合位点,推测在芥菜型油菜中TT1可能与TT2相互作用协助MBW复合体调控结构基因TT3、TT18、BAN基因的表达,最终控制原花色素的合成。