罗氏沼虾白斑综合症病毒基因组5个未知功能区域的研究

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对虾白斑综合症是对虾养殖业中危害最严重的一种传染性疾病,其病原是白斑综合症病毒(white spot syndrome virus,WSSV)。目前,对WSSV的病原学、流行病学、诊断学、感染机理等研究已经深入到分子水平。WSSV基因组全序列在GenBank上已公布三个版本。其基因组学的研究重点正转向功能基因组学,即对其众多基因产物的解析。目前已有10余个基因的功能得到初步确定,有36个基因与已知的蛋白具有同源性,但大部分基因的功能仍未知。本研究根据Yang已公布的WSSV基因组全序列(GenBank登录号:NO.AF332093),设计了一对引物,从疑似患白斑综合症的罗氏沼虾总DNA中,扩增获得WSSV结构蛋白VP28基因,并将之与20个已登录在Genbank上的VP28序列进行同源性比对,证实其为WSSV的VP28基因。系统进化分析结果显示:从中国对虾、斑节对虾、南美白对虾、日本对虾、波纹龙虾提取的病毒株聚为一类,印度对虾WSSV VP28为另一类,罗氏沼虾WSSV VP28又单独为一类,关系最远。选取5个未知功能的ORF区域,相应设计了5对引物,从疑似患白斑综合症的罗氏沼虾中获得的WSSV基因组为模板,经扩增可清晰获得该5个未知基因,并分别克隆进原核表达载体pET-28a(+)中;根据测序结果对WSSV ORF023和ORF254区域推测的蛋白进行蛋白理化特性、蛋白序列(Motif)特性以及二级结构预测。将WSSV ORF023和ORF254基因在大肠杆菌BL21中进行表达,结果显示,WSSV ORF023基因表达产物比预计的略小,WSSV ORF254基因有多条偏小的特异性条带,推测可能与基因中存在的大肠杆菌稀有密码子有关。同时还将获得的WSSVORF147基因,克隆进pBacPAK-His(1),构建了可用于家蚕杆状病毒系统表达的真核表达载体pBacPAK-His(1)-WSSV ORF147,为在昆虫细胞中表达WSSV ORF147打下了基础。
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