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杨梅(Myrica rubra)是我国特色果树,相关的基础生物学研究薄弱,尤其是分子生物学研究刚刚起步。本研究应用RNA-Seq技术,获得了大量序列信息和表达量数据,综合生物信息学分析和实验检测方法,对杨梅密码子偏好性与果实品质功能基因转录特性进行了分析。主要结果如下：1.进行了RNA-Seq及序列拼接。对“荸荠”杨梅不同组织混样和三个不同成熟度果实(转色期、红熟期和完熟期)进行了RNA-Seq,获得了1.92G的测序数据,混合拼接得到了41,239条Unigene,平均长度为531bp。通过与公共数据库比对,约80%的序列得到注释,并鉴定了31,665条序列的编码区。2.进行了杨梅密码子偏好性分析。基于1,066条全长序列,建立了杨梅密码子偏好性表格,鉴定了4个高频密码子和397个高频密码子对,以及26个优先出现的密码子对和141个避免出现的密码子对。从植物界、物种内和序列内三个层面揭示了密码子使用模式。发现RSCU(密码子相对使用频率)比GC3s(同义密码子第三位的碱基频率)可更好地反映植物进化,9组类别的基因受CAI(密码子适应性指数)或GC3s的影响,起始密码子后的第1个密码子的CAI值最低,随后快速增加,继而趋于平缓,可能在蛋白质翻译速率调控中起作用。3.进行了果实品质功能基因转录特性分析。基于杨梅果实成熟期间基因动态变化网络,利用生物信息学手段分析发现花青苷合成相关的结构基因随果实成熟呈上调表达模式,与花青苷积累、色泽加深等表型相吻合；蔗糖磷酸合成酶(SPS)和谷氨酸脱羧酶(GAD)在果实成熟期间表达增强,推测可能是蔗糖积累和有机酸降解的关键调控位点；相关基因的表达模式得到了定量PCR的实验验证。进一步就不同有机酸含量品种进行了RNA-Seq,发现液泡H+-ATPase (V-ATPase) B亚基的基因表达模式与有机酸含量间存在极显著的正相关性,认为可能是造成杨梅品种间有机酸含量差异的主要原因。