发展农业是我国当前的首要任务，育种技术创新是推动我国农业发展的核心措施之一。以现代生物工程技术、信息技术为标志的农业新技术革命正兴起，种子产业的竞争越来越体现为拥有核心技术和形成知识产权能力的竞争。十七大提出自主创新和知识产权是我国的基本国策，我国种子产业的发展，根本在于形成一套完善的知识产权保护机制，保障种子企业创新能够得到有效回报，更进一步的，种子企业的持续创新将让农民获得更多选择新品种所带来的收益，进而推动农业发展。随着《植物新品种保护条例》、《种子法》相继实施，我国植物新品种保护事业蓬勃发展，种子市场商业化改革也逐步形成。本文以知识产权保护理论、农业技术创新溢出效应理论、生产函数理论为基础，运用统计学和经济学的基本知识，借鉴国内外己有的研究成果，采用定性分析和定量分析相结合的方法，研究植物新品种保护下我国种子企业经营现状以及持续经营的维度及其影响因素，以期为提高种子企业研发行为积极性和增强企业研发能力、降低种子企业经营成本、提高经济效益和生产效率提供重要参考。阐述了植物新品种、植物新品种保护、种子行业特征和种子企业持续经营的内涵、企业农业技术创新的内涵概念、农业技术创新溢出效应理论、知识产权保护成本收益理论、知识产权制度的利益平衡理论、知识产权资源优化配置理论以及农业技术创新的溢出效应、农业技术创新的外部性，概述了植物新品种保护制度演进脉络，指出随着农业、育种业和种子贸易的发展，植物新品种保护的重要性越来越突出了，发达国家私人育种公司的育种工作迅速开展并超过了公立机构，育种速度和育成新品种的数量大幅度增加，迅速改变了种子产业的面貌，我国作为发展中国家于2000年《中华人民共和国种子法》的颁布实施后，彻底打破了国有种子公司垄断经营的局面，使我国种子产业市场化发展更好、更快，有力地刺激了种子企业育种创新和科研与生产的结合，推动了“选育、生产、经营一体化”进程；分析了植物新品种保护制度下种子企业研发行为、我国种子企业申请与授权植物新品种权数量变化以及两者的差距、种子企业市场规模、市场集中度与发达国家的差距；运用统计描述和DID模型分析了我国种子企业生产经营收益变化及其影响因素，进行了分析我国种子企业成本效益发展变化，成本效益变化，运用SFA模型法测算和分析了我国种子企业生产运营效率及其影响因素分析。基于上述分析内容，得出种子企业的研发行为受遗传资源所支付的成本、科研人员的数量、销售额预期以及创新成本等因素的影响，使用遗传资源所支付的成本以及科研人员对企业的研发行为有积极作用，也就是企业的物质资本和人力资本投入水平影响企业的研发行为，相对于国有企业来说，合伙私人企业的研发积极性不高，企业进行新品种研发的动力源于研发行为是否能为企业带来经济效益，由于种子企业新品种权的保护水平过程受创新成本提高的影响，所以对种子企业的研发行为有一定的有消极影响；得出1999年至2012年我国种子企业的研发经费、员工工资、员工人数、日常经营资金、申请费、审查费、年费、所支付的遗传资源成本、净利润总体都呈逐年增加的趋势，意味着种子企业品种权申请量上有一定的突破，但申请的质上与科研单位相比差距仍然较大，表明其积极性还没有充分的发挥出；得出植物新品种保护制度建立以来，申请植物新品种保护的企业与未申请植物新品种保护的企业相比，其生产运营收益显著地增加，企业的科研投入、独立研发能力以及知识产权管理能力也会在很大程度上影响企业生产运营收益，在影响种子企业生产运营收益的变量中，科研人员与推广人员占员工的比重、独立研发品种占总研发品种的比重以及企业是否设置专门的品种保护或知识产权管理的部门对企业生产运营收益具有正向影响，而种子企业的科研经费占经营经费的比重与侵权案件数量对种子企业的生产运营收益具有负向影响；得出我国育繁推一体化种子企业的生产效率仍然存在改进空间，研发经费的投入和累计授权品种数量对企业的生产运营效率产生正向影响，东部地区育繁推一体化种子企业的生产运营效率高于中部地区的企业，且高于全国的平均水平，而中部地区的种子企业生产运营效率又高于西部地区的企业，中西部的种子企业的生产运营效率均低于全国平均水平，研发经费的投入和累计授权品种数量会对企业的生产运营效率产生正向影响，但累计审定品种数量对企业生产运营效率产生负向影响。最后提出强化植物新品种权申请和保护意识、增强企业研发能力、促进多元化主体合作、加大完善植物新品种保护制度的力度、保护种子企业的生产运营收益、加强自身科研实力的同时注重合作战略、重视维权部门的建设、提供良好的外部政策环境等政策建议。