简单重复序列标记（Simple sequence repeats,SSR）是进行植物种质资源分析和应用最广泛的标记,主要用于遗传多样性分析、分子指纹图谱及遗传图谱构建等方面。由于甘蔗基因组未完成序列测定,所以已有SSR标记数量较少。本研究首次利用福建农林大学基因组中心测序完成的甘蔗热带种（LA-purple）转录组数据库,大规模开发EST-SSR标记,为甘蔗分子标记育种提供试验依据。主要结果如下:1.利用MISA软件对LA-purple的255 398条EST序列进行生物信息学分析,结果表明:共含有SSR位点51 361个,平均每5.85 kb出现一个SSR位点,比甘蔗EST数据库的9.22 kb更高,共计开发29,241个。反应出LA-purple转录组数据库的SSR位点具有数量多、密度高的特点。其中二碱基重复类型5 061个占比为9.7%;三碱基重复类型25 749个,占比为49.8%,两者合计占比59.5%,四、五、六碱基重复类型占比分别为4.6%、12.3%、22.7%;在二碱基重复类型中,CT/GA基元类型所占的比例最高为33.20%,在三碱基重复类型中,CGC/GCG基元类型所占比例最高,达17.39%,二者合计为50.59%;其他类型碱基重复类型数量相对较低。2.按照各碱基重复类型SSR位点出现频率的高低,选择高频率的重复类型,设计、合成1 070对SSR引物进行筛选,占总SSR数量的2.1%。利用甘蔗属（大茎野生种、割手密、热带种和栽培种）的12份材料进行多态性筛选,结果共筛选出349对多态性引物,418个等位基因。多态性引物占总数的32.6%,PIC均值为0.398,二、三、四、五和六碱基重复类型多态率分别为7.5%、15.4%、3.1%、3.0%和3.5%,二、三、四、五、六碱基重复类型中多态性最高的基元类型分别为CA、CCG、CCGC、CGGCG、GCCGGC,其中二、三碱基重复类型多态率最高,总计为22.9%,占多态性引物总数的70.5%。结果表明该数据库具有很高的开发潜力。3.利用6个不同国家或地区的栽培种和349对SSR引物进行多态性筛选,进一步选择40对多态性最好的SSR引物对甘蔗及近缘属的48份材料进行遗传多样性及通用性验证分析。结果显示:材料间的遗传相似系数在0.57-0.99之间,PIC平均值为0.7636,遗传多样性指数为0.1936,香农指数均值为0.3045。显示出这40对引物可以很好的对甘蔗及近缘属进行遗传多样性分析。UPGMA聚类分析结果表明,以相似系数0.68为分割线可以将48个品种分为三大类群,蔗茅属12份材料为第一类群,结果说明开发的引物适合蔗茅属的遗传多样性分析;第二类群只有Q202,其余38个材料聚为一类。第三类群可分为三个亚类群,第一亚类群17个品种（柳城、福农、粤糖系列）,第二亚类群6个品种（CP、ROC系列）,第三亚类群15个品种（CP、粤甘、福农系列）,说明福农、ROC、CP、粤糖这四个系列在实际育种过程中所选择的杂交亲本存在较小差异,在以后杂交亲本选配时应予以避免。