【摘 要】
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聚合链式反应PCR是一个常见的,应用非常广泛的分子生物学实验技术,在选取合适的PCR引物的引物设计过程中,进行引物的唯一性检验具有一定意义.在该文的研究工作中,采用了快速
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聚合链式反应PCR是一个常见的,应用非常广泛的分子生物学实验技术,在选取合适的PCR引物的引物设计过程中,进行引物的唯一性检验具有一定意义.在该文的研究工作中,采用了快速的启发式搜索、同源性搜索等生物信息学算法,建立了一个基于公共数掘库或者特定模板的快速模拟PCR过程的系统.用户提交引物序列,该系统就会模拟PCR的过程,给出一个可能的产物列表以及一个模拟的琼脂糖电泳图.采用该系统,测试了一个设计用于从人类cDNA文库中调取IPL基因的一对引物,测试结果和实验结果具有一致性.测试结果还显示了该系统可以高效的分析引物对之间的交叉反应.该系统在引物设计中辅助优化引物使得PCR获得更好的实验结果具有一定的意义.该系统可以稳定的运行在Linux或者Wiodows操作系统下,可以通过http://sls.zsu.edu.cn/PCR_simu/获得该系统的WWW服务.传统的基于分子序列的系统发育树重建需要进行一个较为耗时的多序列比对的过程,这使得基于分子序列的进化树重建分析局限于少数、具有特征新的短序列范围内.在该文的研究工作中,构建了一个快速的、突破多序列对齐过程的基于分子序列的系统发育树重建系统,并在此基础上构建了一个交互的、采用长序列或者基因组序列进行系统发育树重建的系统平台.采用该系统,以23种杆状病毒的全基因组序列为对象,快速的重建了系统发育树(约2.5分钟).该系统发育树的结果跟以前采用传统的研究方法所获取的结果具有高度的一致性.以该系统为平台,从25种真核生物的线粒体全基因组序列为对象,快速重建了25种真核生物的系统发育树(约3分钟).该系统发育树的结果与传统分类学完全一致.这些结果显示,对比传统的、必须进行多序列比对过程的系统发育树重建过程,该文的系统突破了对分析序列的长度的限制,大大的加快了系统发育树的重建过程,使得直接采用全基因组序列重建系统发育树得以实现.可以通过http://sls.zsu.edu.cn/tree_reconstruct/获得本系统的WWW服务.
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