沙糖桔是广东地方特色柑桔品种之一，无论是出口还是内销都在广东柑桔产业中占有极其重要的地位，但其种子太多，削弱了它的竞争力。本研究以课题组通过芽变选种途径选育的无籽沙糖桔这一宝贵的无籽芽变突变体为试材，以普通有籽沙糖桔为对照，进行了有籽沙糖桔和无籽沙糖桔的DNA分子标记比较分析，旨在为柑桔的分子育种提供基础，主要研究结果如下： 1.在改良CTAB法基础上，从柑桔幼嫩的叶片中提取基因组DNA，运用正交试验设计、均匀设计和单因子设计，建立了一套柑柑桔分子标记分析体系，为进一步的研究工作提供了一个平台。 2.在RAPD分析中，用113条RAPD引物进行了有籽沙糖桔和无籽沙糖桔的比较分析，结合前人研究基础结果表明，有籽沙糖桔和无籽沙糖桔的亲缘关系非常近，但利用RAPD技术不能对二者进行有效区分。 3.用ISSR分子标记技术以100条ISSR引物进行了有籽沙糖桔和无籽沙糖桔的比较分析，获得差异带，其引物编号为808和823，并对这两条差异片段进行了克隆、测序。 4.用SSR分子标记技术以7对SSR引物进行了有籽沙糖桔和无籽沙糖桔的比较分析。结果表明，有籽沙糖桔和无籽沙糖桔两个材料在种内表现出高度的一致性，无差异带出现。 5.用SRAP分子标记技术以153对引物组合进行了有籽沙糖桔和无籽沙糖桔的比较分析结果表明，运用琼脂糖凝胶电泳技术没有检测到差异条带，运用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测，得到了21条差异片段，并进行了克隆、测序。 6.用基于反转录转座子的2种分子标记技术进行了有籽沙糖桔和无籽沙糖桔的比较分析，其中IRAP筛选引物28对引物组合，REMAP筛选56对引物组合，两种分子标记中均没有多态性条带出现。 7.用22条差异片段的序列设计引物进行了SCAR标记转化的尝试，但没有转化成功。