活体细胞不停地进行新陈代谢活动，就必须不断地与周围环境进行物质交换，而细胞膜上的离子通道就是这种物质交换的重要途径。人们已经知道，大多数对生命具有重要意义的物质都是水溶性的，如各种离子，糖类等，它们需要进入细胞，而生命活动中产生的水溶性废物也要离开细胞，它们出入的通道就是细胞膜上的离子通道。离子通道(Ion Channel)作为细胞膜上的一类特殊亲水性蛋白质微通道，是所有真核生物细胞保持正常生理功能必需的一大类跨膜蛋白。 基因芯片技术是90年代以来迅速发展起来的分子生物学高新技术，利用基因芯片技术研究者可以同时检测成千上万的基因mRNA的表达水平，表达谱数据可以提供基因在不同条件下的差异表达信息，挖掘疾病相关的特异基因。另一方面，复杂疾病的发生发展是由多基因多蛋白功能异常以及它们之间的相互作用引起的，因此，结合蛋白质互作信息进行特异基因挖掘是有意义的。 本文提出了结合蛋白质互作信息进行特异基因挖掘的新方法，该方法从系统生物学角度考虑了基因表达层面以及蛋白质功能层面的信息，方法可以同时对提取的特异离子通道基因进行显著性评价。 我们将方法应用到肺癌疾病的基因表达谱数据进行特异离子通道基因挖掘，对比不同离子通道亚型与疾病相关的特异程度，分析特异离子通道的共表达及互作网络特性，并对特异离子通道亚型的功能富集进行了讨论，结果发现13个特异离子通道在细胞进程及传导通路方面有富集现象。